Bereits kurz nach der Gründung wurde ab 1993 für den gemeinsamen Forschungsschwerpunkt regenerative Energien das fachbereichsübergreifende Komplexlabor Alternative Energien (KAE) aufgebaut – zugleich Nukleus des 2009 gegründeten In-Instituts für Regenerative Energie-Systeme (IRES). Mit dem Institute for Applied Computer Science (IACS) wurde im Jahr 2006 ein zweites In-Institut gegründet. Hier wird in den vier Competence Centern Bio-Informatics, E-business & Interactive Media, Health-Informatics und Software-Quality geforscht. Über die In-Institute hinausgehend tragen zwei An-Institute (Institut für Angewandte Informatik e..V., Institut für Energie und Umwelt e..V.) sowie zwei Steinbeis-Institute (Bildverarbeitung und Medizininformatik, Projektierung und Evaluierung von Netzwerken) zur Kompetenzbündelung bei.

Die Bündelung von Ressourcen und Kompetenzen trägt Früchte: Die Drittmitteleinwerbungen sind überdurchschnittlich. Mit Blick auf die besondere Akzentuierung der Partnerschaften im Ostseeraum sei beispielhaft auf die EU-Projekte Baltic Museum 2.0 und Baltic Museum 2.0 plus, geleitet von Prof. Dr. Michael Klotz, verwiesen. Die anwendungsorientierte Forschung mündet in einer Vielzahl von Publikationen, unter anderem auch in national und international referierten Fachzeitschriften und Prämierungen. Jüngster Erfolg ist der Innovationspreis der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie für die digitale Plattform "TKmed", entwickelt von Prof. Dr. Martin Staemmler. Neuere Themen im Zukunftsfeld "Gesundheit" betreffen unter anderem Untersuchungen von biodegradierbaren Magnesiumlegierungen für medizinische Anwendungen von Prof. Dr. Petra Maier (s. Abb.) als assoziierter Partner im Virtuellen Institut "MetBioMat" der Helmholtz-Gemeinschaft, von Versorgungsformen in mobilen Umgebungen oder auch die Evaluierung von Technologien, wenn Daten hinsichtlich der klinischen (und auch Kosten-) Effektivität noch nicht vorliegen.

Prof. Dr. Petra Maier bei der Datenauswertung mechanischer Werkstoffprüfung

Hierzu kooperiert die Fachhochschule Stralsund unter anderem auch mit dem Massachusetts General Hospital Imaging Trials Center (MITC), Harvard Medical School. Zur internationalen Sichtbarkeit tragen auch die Mitgestaltung und Durchführung internationaler Tagungen bei. Beispielhaft seien die Tagungen ACM/IEEE und die von Prof. Dr. J. Novak (IACS) 2012 mitinitiierte Workshop-Reihe "SoHuman – Social Media for Crowdsourcing and Human Computation" mit der TU Delft und dem MIT Center for Collective Intelligence erwähnt.

Zur Nutzung von Synergien und zur Stärkung der Forschungskompetenz und deren Wahrnehmung hat die Fachhochschule Stralsund die Profilschärfung in den vergangenen Jahren kontinuierlich fortgesetzt und drei Forschungsschwerpunkte definiert. Alle drei Forschungsschwerpunkte finden sich auf der Forschungslandkarte der Hochschulrektorenkonferenz wieder. Die Nachwuchsförderung liegt der Hochschule besonders am Herzen. Derzeit werden elf kooperative Promotionsvorhaben von Hochschulangehörigen an der FH Stralsund durchgeführt.