Wie das Auswärtige Amt mitteilte, weiß Fischer seit Anfang Juni 2004 von der Entführung. Man habe sofort reagiert und die betroffenen Ministerien und „relevanten Stellen“ informiert, sagte Martin Jäger, der Sprecher des Auswärtigen Amtes. Um welche Stellen es sich dabei handelt, wollte er nicht sagen. Außenminister Frank-Walter Steinmeier wird am Mittwoch in einer Aktuellen Stunde im Bundestag Stellung nehmen. Ex-Innenminister Otto Schily und Steinmeier sollen zudem dem Parlamentarischen Kontrollgremium Auskunft geben. Schily wurde am 31. Mai 2004 vom damaligen US-Botschafter Daniel Coats über den Fall El-Masri informiert. Schily erhielt nach Angaben seines Amtsnachfolgers, Wolfgang Schäuble, die vertrauliche Information, dass im Zuge von Terror-Ermittlungen ein Verdächtiger festgenommen worden sei und dass es eine Personenverwechslung gegeben habe. Von einer Entführung sei keine Rede gewesen und El-Masri sei da auch schon wieder in Freiheit gewesen, sagte Schäuble.

Die weiterhin zurückhaltende Informationspolitik zur Verschleppung El-Masris von Seiten der Regierung begründete Regierungssprecher Ulrich Wilhelm derweilen damit, dass auch die Nachrichtendienste betroffen seien. Nach Rechtslage dürfe die Regierung deshalb nur dem Parlamentarischen Kontrollgremium berichten, das zur Geheimhaltung verpflichtet sei.

Unkommentiert ließ Regierungssprecher Wilhelm Berichte, wonach deutsche Sicherheitsbehörden möglicherweise mitverantwortlich sind, dass El-Masri Ende 2003 verschleppt worden ist. Die Berliner Zeitung zitiert in ihrer Samstagsausgabe einen deutschen Sicherheitsbeamten mit den Worten: „Möglicherweise haben wir durch Informationen, die wir mit den US-Behörden ausgetauscht haben, die CIA auf El-Masri aufmerksam gemacht.“ Es sei „schon auffällig, dass die Amerikaner bei ihren Verhören in Afghanistan El-Masri auch nach Erkenntnissen fragten, die sie von uns bekommen haben“. El-Masri war nach eigenen Angaben am Silvestertag 2003 von der CIA in Mazedonien gefangen genommen, nach Afghanistan verschleppt und erst fünf Monate später wieder frei gelassen worden.

Wilhelm nannte den Sachverhalt in dem Zeitungsbericht „rein spekulativ“ und erklärte: „Die Bundesregierung nimmt zu Spekulationen grundsätzlich keine Stellung.“ Unions-Vize-Fraktionschef Wolfgang Bosbach hält es für möglich, dass deutsche Sicherheitsbehörden mit der CIA im Fall El-Masri zusammenarbeiteten. „Ich hoffe nicht, dass es stimmt; aber ich fürchte, dass es stimmen könnte“, zitiert ihn die Mitteldeutsche Zeitung in ihrer Samstagsausgabe. „Das wäre ein Alptraum.“

Bei der im Fall El-Masri ermittelnden Münchner Anklagebehörde gibt es keine Erkenntnisse, dass Informationen deutscher Behörden mitverantwortlich für die Verschleppung des Deutschen gewesen sein könnten. „Aus unseren Ermittlungsunterlagen ergibt sich nicht, dass deutsche Stellen irgendeinen Hinweis auf El-Masri gegeben hätten“, sagte Oberstaatsanwalt August Stern. Es lägen auch keine Hinweise vor, dass El-Masri strafrechtlich relevante Kontakte zu Islamisten unterhalten habe.