In der ersten Ausschreibungsrunde waren 319 Antragsskizzen von 74 Universitäten eingereicht worden. Sie verteilten sich auf drei Förderlinien: Exzellenzcluster (Forschungsverbünde), Graduiertenschulen und Zukunftskonzepte (die begehrteste Kategorie der "Elite-Universitäten").
Die beiden ersten Förderlinien wurden von 20 international besetzten Gutachtergruppen der DFG begutachtet. Kriterien waren wissenschaftlichen Qualität, der interdisziplinäre Ansatz, die internationale Sichtbarkeit sowie die Integration von regionalen Forschungskapazitäten, zum Beispiel außeruniversitären Forschungseinrichtungen.
Die Entscheidung über die Auswahl der Antragsteller in der dritten Förderlinie beruht auf einem komplexen Prozess, in dem die Kriterien der Ausschreibung geprüft wurden. Neben der Analyse der Skizzen, der Forschungsleistungen der Universität, ihrer Entwicklung in den letzten Jahren wurden auch Quergruppen für Vergleiche gebildet und die Expertise der Peers genutzt.
Etwa 20Graduiertenschulen und  15 Exzellenzcluster der Universitäten werden ab November 2006 für fünf Jahre gefördert.

Hier die Listen:

Förderlinie Graduiertenschulen     

RWTH Aachen (4),    

Freie Universität Berlin (1),

Humboldt-Universität Berlin (1),

Technische Universität Berlin (1),

Universität Bielefeld (2),

Ruhr-Universität Bochum (1),

Universität Bonn (2),

Technische Universität Braunschweig (1),

Universität Bremen (2),

Technische Universität Dresden (1),

Universität Erlangen-Nürnberg (1),

Universität Frankfurt/Main (2),

Universität Freiburg (2),

Universität Gießen (1),

Universität Göttingen (1),

Medizinische Hochschule Hannover (1),

Universität Hannover (1),

Universität Heidelberg (1),

Universität Hohenheim (1),

Universität Karlsruhe (TH) (1),

Universität zu Köln (1),

Universität Mainz (1),

Universität Mannheim (1),

Universität München (2),

Technische Universität München (2),

Universität Stuttgart (1),

Universität Tübingen (1),

Universität Ulm (1),

Universität Würzburg (1).      


Förderlinie Exzellenzcluster

RWTH Aachen (2),

Freie Universität Berlin (1),

Humboldt-Universität Berlin (2),

Technische Universität Berlin (2),

Universität Bonn (1),

Universität Bremen (1),

Universität Darmstadt (2),

Technische Universität Dresden (1),

Universität Erlangen-Nürnberg (1),

Universität Frankfurt/Main (1),

Universität Freiburg (1),

Universität Gießen (1),

Universität Göttingen (2),

Universität Hamburg (2),

Medizinische Hochschule Hannover (2),

Universität Heidelberg (1),

Universität Karlsruhe (TH) (1),

Universität Kiel (2),

Universität zu Köln (1),

Universität Konstanz (1),

Universität Leipzig (1),

Universität Marburg (1),

Universität München (4),

Technische Universität München (3),

Universität Oldenburg (1),

Universität Stuttgart (1),

Universität Tübingen (1),

Universität Würzburg (1).


Förderlinie Zukunftskonzepte

RWTH Aachen ,

Freie Universität Berlin ,

Universität Bremen ,

Universität Freiburg ,

Universität Heidelberg ,

Universität Karlsruhe (TH),

Universität München ,

Technische Universität München ,

Universität Tübingen ,

Universität Würzburg .