In den vergangenen drei Jahren sei die Konferenz in vielen praktischen Fragen vorangekommen, sagte Bundesinnenminister Wolfgang Schäuble (CDU) in Berlin zum Abschluss der Islamkonferenz. Deutschland sei dadurch der Akzeptanz von Vielfalt ein Stück näher gekommen. "Wir waren uns alle einig: Dieser Ansatz muss in den kommenden Jahren wie auch immer fortgesetzt werden."

Der Innenminister warb für weitere Verbesserungen bei der Integration der vier Millionen Muslime in Deutschland. Zuletzt seien etwa Handreichungen für Schulen beschlossen worden, mit denen Konflikte über das Kopftuch oder die Teilnahme muslimischer Schülerinnen am Schwimmunterricht beigelegt werden sollen.

Auch die Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) sprach sich für eine Fortsetzung aus: Durch die Islamkonferenz sei viel in Bewegung gekommen. Schäuble räumte ein, die Teilnehmer hätten sich nicht in allen Fragen einigen können. Er sagte aber: "In den vergangenen drei Jahren haben wir das Verhältnis von Staat und Muslimen in Deutschland grundlegend verändert und einen Prozess der Integration auf den Weg gebracht." Die Konferenz setze "ein deutliches Zeichen", dass Muslime ein Teil Deutschlands geworden seien.

Angesichts von Zweifeln, ob die Muslime in der Konferenz richtig repräsentiert seien, blieb die Art eines Fortgangs unklar. Der Vorsitzende des Zentralrats der Muslime, Ayyub Axel Köhler, sprach sich dafür aus, die Moscheengemeinden als Grundlage zu nehmen. Der Vorsitzende der Innenministerkonferenz, Bremens Ressortchef Ulrich Mäurer (SPD), forderte, die Mehrheit der nichtorganisierten Muslime verstärkt anzusprechen.

Der Vorsitzende der Kultusministerkonferenz (KMK), Mecklenburg-Vorpommerns Minister Henry Tesch (CDU), kündigte an, das Tragen von Kopftüchern und die Teilnahme an Sport-, Schwimm- und Sexualunterricht sowie Klassenfahrten auf die KMK-Tagesordnung im Herbst zu setzen. Einer Studie zufolge, die von der Konferenz in Auftrag gegeben wurde, bleiben sieben Prozent der muslimischen Schülerinnen dem Schwimmunterricht von Jungen und Mädchen fern; zehn Prozent nehmen nicht an Klassenfahrten teil.

In einer Handreichung für schulpraktische Fragen empfiehlt die Konferenz Streitschlichtung bei Schulen mit vielen Schülern unterschiedlicher religiöser Orientierung. Das Tragen von Kopftüchern könne in Schulordnungen nicht untersagt werden, sei aber zumindest vor der Pubertät auch religiös nicht geboten. Bei Konflikten über die Teilnahme an Sport- und Schwimmstunden sei ein nach Geschlechtern getrennter Unterricht sinnvoll.

In den Schlussfolgerungen der Konferenz forderten die muslimischen Teilnehmer eine gezieltere Unterstützung für stark von muslimischen Kindern besuchte Schulen – unter anderem durch Lehrkräfte muslimischer Herkunft. Viele Wege könnten zum Ziel eines Religionsunterrichtes für muslimische Kinder führen, sagte Schäuble. Der Staat habe die Pflicht zur Ermöglichung von Bekenntnisunterricht. Solange die islamischen Organisationen die Voraussetzungen durch die Verfassung nicht erfüllten, sei Religionskunde eine Alternative. Der CDU-Politiker sprach sich für staatliche Lehrkräfte für islamische Religion aus. Wichtig sei zudem die Einrichtung islamischer Theologie an Hochschulen.

Einer weiteren Schlussfolgerung zur inneren Sicherheit verweigerte der Islamrat allerdings seine Unterschrift. Der Vorsitzende Ali Kizilkaya sagte der Süddeutschen Zeitung, sie atme "den Geist des Generalverdachts gegen Muslime". Islamische Organisationen sollten dem Entwurf zufolge ihre Einnahmen auch aus dem Ausland offenlegen. Mäurer betonte, die Behörden hätten bei einem Prozent der Muslime in Deutschland die Sorge, sie wollten gegen die freiheitliche Grundordnung vorgehen. Der Schulterschluss in der Konferenz könne gegen die Risiken helfen.