Der ägyptische Präsident Mohammed Mursi und sein Armeechef haben Berichte über Morde, Folter und Übergriffe der Streitkräfte während der Rebellion gegen die Herrschaft des Mursi-Vorgängers Hosni Mubarak bestritten. "Die Streitkräfte sind aufrichtig und haben seit dem 25. Januar 2001 keine Tat gegen das Volk verübt und auch niemanden getötet, wie einige behaupten", sagte Verteidigungsminister Abdel Fattah al-Sissi laut der Nachrichtenagentur Mena.

Am Donnerstagabend hatte Mursi in Anwesenheit ranghoher Offiziere drei Militärs befördert – ein deutliches Zeichen für den Schulterschluss des islamistischen Staatschefs mit den Streitkräften. Mena meldete, Mursi habe "die Lage beruhigen und die Spannungen innerhalb der Armee abbauen wollen". Diese seien nach einer "Verleumdungskampagne und Angriffen einiger Politiker" entstanden.

Mursi hatte im Sommer 2012 einen Bericht zur Untersuchung der Gewalt während der Revolte gegen Mubarak und der darauf folgenden 14-monatigen Militärherrschaft in Auftrag gegeben. Der Bericht wurde Mursi im Januar übergeben, er ist aber noch nicht offiziell veröffentlicht worden. Der Guardian berichtete unter Berufung auf den Bericht, Ärzte in einem Kairoer Militärkrankenhaus hätten damals die Anweisung erhalten, bei Operationen verletzter Demonstranten keine Betäubungsmittel einzusetzen.

In dem Bericht heißt es laut früheren Vorabveröffentlichungen zudem, dass das Militär für Folter und das Verschwindenlassen von Oppositionellen verantwortlich sei. Oppositionelle seien in dem Militärkrankenhaus von Ärzten, Soldaten und medizinischem Personal geschlagen und beleidigt worden.

Über 1.000 Menschen gelten seit den Tagen der Revolte als vermisst. In Leichenhallen wurden Körper gefunden, die Spuren von Folter oder Schusswunden aufweisen. Andere Vermisste sind im Gefängnis, wo sie zum Teil ohne Gerichtsverfahren Haftstrafen absitzen.