Transparency International hat mit Blick auf den Atomvertrag die schwarz-gelbe Koalition davor gewarnt, demokratische Grundlagen auszuhebeln. "Wie will sie eigentlich Akzeptanz in weiten Kreisen der Bevölkerung bekommen für möglicherweise unbequeme Entscheidungen, wenn sie sich in einem konkreten Fall mit vier Bossen von Atomkonzernen zusammensetzt und sich die Bedingungen diktieren lässt", sagte die Vorsitzende der deutschen Sektion, Edda Müller .

Nach Müllers Ansicht ist der Vertrag zwischen Regierung und den Energiekonzernen zwar privatrechtlich bindend. Sie stellte jedoch in Frage, "ob das verfassungsrechtlich Bestand haben kann und ob nicht hier das Demokratieprinzip abgeschafft wird, dass eine Regierung mit Privaten Verträge schließt, die dann am Parlament vorbei Geltung haben." Sie kritisierte wie die Opposition, dass die Summe, die die Atomkonzerne für eine sicherheitstechnische Nachrüstung von Reaktoren aufbringen müssen, begrenzt wird.

Die Atomkonzerne haben sich in dem Vertrag weitreichende Schutzklauseln zusichern lassen. Die Kosten für eine mögliche Nachrüstung der Atomkraftwerke werden auf 500 Millionen Euro je Kraftwerk begrenzt. Kosten die Nachrüstungen mehr, erhält der Bund weniger Geld für seinen geplanten Öko-Energiefonds.

Wenn die von Schwarz-Gelb bis 2016 befristete Atomsteuer erhöht oder verlängert wird, gibt es ebenfalls weniger Geld für den Öko-Energiefonds. Damit haben die schwarz-gelbe Koalition und die Atombetreiber E.on, RWE, EnBW und Vattenfall faktisch eine Sperre eingebaut, um Rot-Grün bei einem möglichen Wahlsieg Änderungen am Paket für längere Laufzeiten zu erschweren. Nach massiver Kritik an ihrer Informationspolitik veröffentlichte die Regierung die Vereinbarung mit den Konzernen im Internet.

Kritik am Vertrag kam auch von der Deutschen Umwelthilfe. Diese fürchtet das Aushebeln von Bürgerrechten. Das Bundesverwaltungsgericht hatte 2008 die Lehren aus den Terrorattacken vom 11. September 2001 in den USA gezogen und geurteilt, Angriffe auf Atomkraftwerke seien nicht länger ein Restrisiko für die Bevölkerung, das man zu akzeptieren habe. Ein neuer Paragraf 7d im Atomgesetz könnte das Klagerecht von Anwohnern, die auf mehr Schutz eines Kernkraftwerks pochen, nun nach Ansicht von Juristen aushebeln.

Auch aus den Reihen der Opposition erntete die Bundesregierung heftige Kritik. SPD-Chef Sigmar Gabriel sagte, hier werde die Sicherheit der Bürger verkauft. Grünen-Fraktionschefin Renate Künast warf der Regierung Wortbruch vor. Die Koalition sei einen "schmutzigen Deal" eingegangen, sagte sie. Die von der Regierung versprochenen Einnahmen von 2,3 Milliarden Euro durch die Brennelementesteuer fielen in Wahrheit niedriger aus. Auch die Zahlen für erneuerbare Energien stimmten nicht, weil die Kosten für die Nachrüstung von Atomkraftwerken gegengerechnet würden.

Sie warf der Koalition zudem vor, in den Atomvertrag Knebelungen für nachfolgende Regierungen eingebaut zu haben. Künast bekräftigte, dass neben der SPD auch die Grünen eine Verfassungsklage gegen die Atomenergiekonzepte der Bundesregierung einreichen würden. Juristen seien bereits damit beauftragt. Fraktionschef Jürgen Trittin sagte, die Vereinbarung schütze ausschließlich die Atomindustrie.