Bundesbildungsministerin Annette Schavan ( CDU ) hingegen hat bei der Eröffnungsveranstaltung betont, sie bringe dem Tübinger Islam-Zentrum großes Vertrauen entgegen. Die Einrichtung der Zentren nannte sie einen "Meilenstein für die Integration." Allerdings hatte auch sie zuletzt die Erwartung geäußert, dass sich in der islamischen Theologie eine historisch-kritische Methode im Umgang mit dem Koran entwickelt. "Wir wollen mit der großen Erfahrung, die wir an deutschen Universitäten mit der Theologie haben, auch einen Beitrag zur Weiterentwicklung der islamischen Theologie leisten." Das Zentrum biete "die große Chance, auch den Dialog mit den christlichen Religionen zu fördern".

Das Bundesbildungsministerium fördert vier Zentren mit insgesamt rund 20 Millionen Euro. Neben Tübingen entstehen diese an den Universitäten Münster/ Osnabrück , Frankfurt/Gießen sowie Erlangen-Nürnberg. In den nächsten Jahren werden laut Bildungsministerium für rund 700.000 muslimische Schüler bis zu 2.000 Lehrkräfte benötigt.

Der Sprecher des Koordinationsrates der Muslime in Deutschland, Bekir Alboga , forderte, als nächster Schritt müssten die Muslime nun auch juristisch als Religionsgemeinschaft anerkannt werden. "In Deutschland herrscht ein sehr negatives Bild vom Islam und Muslimen", sagte er. Das sei auch eine Folge dessen, dass den Muslimen die juristische Anerkennung verweigert werde.