Die Autoren des "Schwarzbuchs Bahn" erheben schwere Vorwürfe gegen die Bahn – in einem Bereich, der für jeden Reisenden unmittelbar von Bedeutung ist: dem der Sicherheit. Die bei den aktuellen ICE-Modellen verwendeten Achsen seien "unterdimensioniert", zitieren die Autoren des "Schwarzbuchs Bahn" den früheren Vizechef des Fraunhofer-Instituts für Betriebsfestigkeit, Vatroslav Grubisic. Für die aktuellen Belastungen seien die Achsen nicht ausgelegt. Hohe Geschwindigkeiten, stärkere Bremsen und die Neigetechnik für enge Kurven belasteten die Achsen viel stärker als zuvor berechnet worden sei, sagte Grubisic.

Grubisic, der Gutachter der Staatsanwaltschaft nach dem Zugunglück von Eschede war, warf der Bahn vor, aus dieser Katastrophe "nichts gelernt" zu haben. In Eschede war 1998 nach Bruch eines Radreifens ein ICE entgleist, bei dem Unglück starben 101 Menschen. Seitdem hat es bei mehreren Zügen Probleme mit Rädern oder Achsen gegeben, die den Untersuchungen zufolge auf Materialermüdung zurückzuführen sind. Nach dem Entgleisen eines ICE in Köln hat das Eisenbahnbundesamt deutlich häufigere Kontrollen angemahnt. Laut Grubisic war die Bahn seit Jahren vor den risikobehafteten Achsen gewarnt worden.

Die Autoren des "Schwarzbuchs Bahn ", zwei ZDF-Journalisten, werfen der Bahn außerdem vor, die Wartungsintervalle bereits ab 2003 deutlich verlängert zu haben. Sie zitieren aus einem "streng vertraulichen Dokument", nach dem dadurch "die Leistung um 24 Prozent gesteigert" und die "Neuanschaffung von fünf ICE-Zügen vermieden" worden sei.

Auch Bahn-Mitarbeiter kommen im Schwarzbuch zu Wort: Ein Wartungsingenieur beklagte demnach, dass die Sicherheitsprüfer "ständig unterbesetzt" seien. "Es wird auch nicht so gern gesehen, wenn man zu genau hinschaut", beschreibt er in dem Buch seine Arbeit. "Ich habe immer weniger Zeit für meine Arbeit, natürlich kann es da passieren, dass ich etwas übersehe." Auch aus der Mitarbeiterzeitung "Am Zug" von April 2006 zitieren die Autoren des "Schwarzbuchs Bahn" Beschwerden von Bahn-Angestellten: Als Folge des Personalabbaus "können nicht alle Arbeiten erledigt werden". "Schlimmer noch, teilweise verschwanden unerledigte Arbeiten aus dem System" der Wartungsdatenbank, kritisierten die Bahner demnach.

Die Bahn wollte sich zu Details des Schwarzbuchs nicht äußern. Ein Sprecher sagte auf Nachfrage jedoch, das Buch sei "sehr einseitig und ignoriert viele Fakten". "Die angeblichen Enthüllungen sind bekannt und größtenteils auf- und abgearbeitet." Der Sprecher sagte, gerade der neue Bahn-Vorstand bestreite nicht, "dass bei der Bahn vieles besser werden kann und muss". Es sei aber nicht akzeptabel, "wenn die täglichen Leistungen unserer Mitarbeiter ins falsche Licht gerückt werden."