Synthetische Biologie Wie Forscher eine genetische Firewall errichten

Mikrobiologen programmieren das Erbgut radikal um. Die Zellen, die sie im Labor erschaffen, nutzen eine Programmiersprache, die selbst Viren nicht verstehen.

"Escherichia Coli"-Bakterien im Elektronenmikroskop

"Escherichia Coli"-Bakterien im Elektronenmikroskop

Es war das winzigste Rätsel der Welt. Im Sommer 2010 trat Craig Venter, Forscher, Unternehmer, Wunderkind und Enfant terrible der Molekularbiologie, vor die Presse und präsentierte ein Bakterium, dessen Erbgut künstlich hergestellt wurde. In den mehr als eine Million Basen, den Buchstaben des Genoms, war nicht nur die Identität des Bakteriums codiert. Venter hatte in dem DNS-Faden, 50.000 Mal dünner als ein menschliches Haar, auch ein paar verschlüsselte Botschaften untergebracht. Unter anderem versteckte sich dort der Satz: "Was ich nicht erschaffen kann, das kann ich auch nicht verstehen."

Der Spruch stammt vom Physiker Richard Feynman und er begegnet einem im Feld der Synthetischen Biologie immer wieder. Denn es ist der Anspruch dieser Forscher, das Leben nicht einfach zu beobachten und zu beschreiben, sondern es nachzubauen, zu erschaffen. Venter meint, genau das geschafft zu haben: Mit einem Team von Wissenschaftlern hatte er das Erbgut des Bakteriums Mycoplasma mycoides am Computer bearbeitet , die Sequenz aus den vier Bausteinen unseres Erbguts nachgebaut und dann in eine lebende Zelle des Bakteriums Mycoplasma capricolum verpflanzt. Das Bakterium beugte sich dem Gen-Diktat und verwandelte sich in die verwandte Art. "Die erste Zelle, deren Eltern ein Computer war", verkündete Venter stolz.

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Das Experiment war eine technische Meisterleistung. Kurze Schnipsel DNS können heute zahlreiche Firmen für wenige Dollar liefern. Aber das Zusammensetzen derart langer Genome ist immer noch enorm aufwendig und teuer: Venters Prestigeprojekt kostete 40 Millionen Dollar und beschäftigte die Forscher über Jahre. Aber der Keimschleim in der Petrischale ist noch kein künstliches Leben. Und bis auf vier Stellen, an denen Venters Forscher ihre Namen und einige Zitate in dem Erbgut untergebracht haben, entspricht die Sequenz ihrem Vorbild aus der Natur.

"Im Grunde hat er das Erbgut nur kopiert", sagt der Genetiker George Church in seinem lichtdurchfluteten Büro in Boston. Er sieht aus wie ein netter Onkel: Graue Haare, weißer Vollbart, verständnisvolle Augen. Aber der Harvard-Professor ist seit 30 Jahren bei jeder technologischen Revolution in der Genetik ganz vorne mit dabei gewesen. "Venters Experiment war technisch interessant, aber es hat unser Verständnis kein bisschen weitergebracht", sagt er. "Es war einfach nicht radikal genug." Wo Venter kopiert hat, was bereits vorhanden war, möchten Church und andere das Erbgut grundlegend umschreiben. Sie möchten die Sprache des Lebens so verändern, dass andere Lebewesen sie nicht mehr verstehen.

Genbausteine

Nur aus vier verschiedenen Genbausteinen besteht das Erbgut-Molekül DNA – symbolisiert durch die Buchstaben A, T, G und C. Im Labor lassen sich mit diesen Bausteinen kurze synthetische DNA-Schnipsel herstellen. Deren Buchstaben ergeben einen einzigartigen Code, ganz ähnlich wie die Striche maschinenlesbarer Etiketten im Supermarkt.

DNA-Barcodes

DNA-Barcodes werden bereits bei der Untersuchung von wichtigem Erbgut eingesetzt, etwa in komplexen Forschungsprojekten oder bei forensischen Ermittlungen: Das zu analysierende Material wird dabei mit einem eindeutigen DNA-Code versehen. So können nachträglich hineingelangte Verunreinigungen leichter erkannt werden.

Mitochondriales Genom

Es existiert auch der Plan, Lebewesen mittels eines natürlichen Barcodes zu katalogisieren. Ein 648 Genbausteine umfassender, sehr variabler Abschnitt aus dem mitochondrialen Genom ist bei jeder Art unterschiedlich. Durch ein »barcoding of life« könnte der Verbraucher künftig besser vor Betrug geschützt werden (ist das Sashimi wirklich aus Rotem Thun?) oder der Schmuggel geschützter Arten wirkungsvoller bekämpft werden.

Einen Grundsatz der modernen Biologie hat Venters Experiment eindrücklich vorgeführt: Das Erbgut ist nichts anderes als ein Programm, das die Zelle ausführt. Der Schlüssel zum Verständnis dieses Programms ist der genetische Code, die einzige universelle Sprache des Lebens auf unserem Planeten. Er bestimmt, wie die Basen A(denin) , C(ytosin) , G(uanin) und T(hymin) eines Erbguts in Eiweiße übersetzt werden, jene kleinen Arbeitsmoleküle, die es der Zelle erlauben, zu wachsen, sich zu bewegen, Signale zu verarbeiten, kurz: zu leben. 

Je drei Basen stehen für eine Aminosäure. Biologen nennen diese Dreierpaare Codons. Es gibt allerdings nur 64 mögliche Codons und nur 20 Aminosäuren. Die meisten Aminosäuren haben also mehrere Codons. CGU , CGC , CGG und CGA etwa codieren alle vier für die Aminosäure Arginin . Diese Dopplung wollen Forscher wie Church nutzen: "Theoretisch ist es möglich, alle CGUs im Erbgut eines Lebewesens durch CGCs zu ersetzen. Die Eiweiße würden immer noch richtig gebaut. Aber CGU würde nicht mehr gebraucht", sagt er. Die Forscher könnten dann die Moleküle, die CGUs erkennen und in Arginin übersetzen, einfach löschen. Oder sie könnten die freien Stellen im genetischen Code mit einer anderen Aminosäure besetzen, die in der Natur gar nicht vorkommt. Das ermöglicht es, chemische Reaktionen ablaufen zulassen, die die Natur nie erfunden hat.

Leser-Kommentare
  1. Immunitaet gegen Viren klingt ja schon gut, wird aber wohl nur ein voruebergehender Vorteil sein bis sich die Viren angepasst haben.

    Andererseits: Bakterien mit einem derart modifizierten Erbgut koennten auch immun gegen die menschliche Koerperabwehr sein: das koennte dann die biologische Superwaffe sein. Gruselig.

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    Zum ersten Absatz: wenn man die Codons und die entsprechenden Aminosaeuren "zufaellig" mischt, dann ergibt das Virengenom ueberhaupt keinen Sinn mehr, d.h. das Virengenom enthaelt in etwa genausoviel Information wie eine beliebige zufaellige Gensequenz.

    Zum zweiten Absatz: Nein, denn solche Zellen folgen immer noch der normalen Biochemie, d.h. eine Stelle welche von einem Antikoerper erkannt wird ist unabhaenig vom genetischen Code.

    Zum ersten Absatz: wenn man die Codons und die entsprechenden Aminosaeuren "zufaellig" mischt, dann ergibt das Virengenom ueberhaupt keinen Sinn mehr, d.h. das Virengenom enthaelt in etwa genausoviel Information wie eine beliebige zufaellige Gensequenz.

    Zum zweiten Absatz: Nein, denn solche Zellen folgen immer noch der normalen Biochemie, d.h. eine Stelle welche von einem Antikoerper erkannt wird ist unabhaenig vom genetischen Code.

  2. Zum ersten Absatz: wenn man die Codons und die entsprechenden Aminosaeuren "zufaellig" mischt, dann ergibt das Virengenom ueberhaupt keinen Sinn mehr, d.h. das Virengenom enthaelt in etwa genausoviel Information wie eine beliebige zufaellige Gensequenz.

    Zum zweiten Absatz: Nein, denn solche Zellen folgen immer noch der normalen Biochemie, d.h. eine Stelle welche von einem Antikoerper erkannt wird ist unabhaenig vom genetischen Code.

    Eine Leser-Empfehlung
  3. Der naive Triumphalismus erinnert mich an die naive Freude, als Fermis Graphit moderierter Kernreaktor eine Birne zum Glühen brachte.
    In 10 Jahren wird wohl die erste Chimäre in den Labors rumkriechen in 12 Jahren der erste Android. in 18n Jahren der erste Krieg mitr Androiden Soldaten geführt.
    Wie stoppt man den Wahnsinn ohne grüner Verhinderungsromantik zu verfallen, die in gentechnisch hergestelltem Vitamin B6 bereits ein Harmageddon herandämmern sieht?
    Charles-Louis Joris, Visp (CH)

  4. In dem Artikel wird meiner Ansicht nach der Eindruck erweckt, dass das aus E. coli gentechnisch gelöschte Codon TAG für eine Aminosäure codiere. So wird auch darauf hingewiesen, dass seltene Codons eine Translationsverzögerung erzeugen. TAG codiert jedoch nicht für eine Aminosäure sondern für "Stop", also das Ende der Aminosäuresequenz.

    Dadurch sind viel weniger komplexe Konsequenzen aus den Mutationen zu erwarten, als wenn ein tatsächlich für eine Aminosäure stehendes Codon entfernt worden wäre. (Auch Mutation von TAG nach TAA hat sicherlich kleine Auswirkungen, deren Diskussion aber den Rahmen eines Kommentars sprengen würde.)

    Trotzdem sind die Ergebnisse natürlich wissenschaftlich und biotechnologisch hochinteressant.

    Eine Leser-Empfehlung
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    • Falcom
    • 22.02.2011 um 3:27 Uhr

    TAG ist definitiv ein Stop-Codon, ihre Beschreibung der Transkiption der DNA in RNA ist fast richtig, aber so wie es dasteht ist es falsch.

    mRNA, entstanden durch komplementäre Basenparung, stellt in der Tat eine Negativkopie der DNA dar, bei der anstelle von Thymin, Uracil zum Einsatz kommt.
    Warum stellt TAG jetzt ein Stopcodon dar, obwohl die Code-Sonne (die die mRNA betrachtet) UAG als Stop-Codon bezeichnet?
    Weil nicht der sogenannte codierende DNA-Strang zur Basenpaarung für die Bildung der mRNA herangezogen wird, sondern der komplementäre DNA-Strang, der template-Strang.
    mRNA ist somit der Abdruck des Abdrucks, das Negativ vom Negativ und entspricht dadurch wieder dem codierenden Strang der DNA (bis auf U statt T).

    Im übrigen finde ich die Fortschritte im Bereich der synthetischen Biologie, auch wenn Craig Venter sein Projekt etwas zusehr hochjubelte, faszinierend und denke wir stehen erst am Anfang einer Entwicklung deren Meilensteine wir nicht im Ansatz vorhersehen können. Wir befinden uns in einem Status, evtl. vergleichbar mit der Entdeckung der Metallbearbeitung oder der Nutzung der Elektrizität.
    Wo wären wir heute, wenn damals alle gesagt hätten:"Blitze sind nur Sache der Götter und so soll es bleiben." ?

    Redaktion

    Lieber Leser,

    Sie haben Recht. Es handelt sich bei TAG um ein Stopcodon. Ich habe einen erklärenden Absatz, der zunächst gekürzt wurde, wieder eingefügt.

    MfG, Kai Kupferschmidt

    • Falcom
    • 22.02.2011 um 3:27 Uhr

    TAG ist definitiv ein Stop-Codon, ihre Beschreibung der Transkiption der DNA in RNA ist fast richtig, aber so wie es dasteht ist es falsch.

    mRNA, entstanden durch komplementäre Basenparung, stellt in der Tat eine Negativkopie der DNA dar, bei der anstelle von Thymin, Uracil zum Einsatz kommt.
    Warum stellt TAG jetzt ein Stopcodon dar, obwohl die Code-Sonne (die die mRNA betrachtet) UAG als Stop-Codon bezeichnet?
    Weil nicht der sogenannte codierende DNA-Strang zur Basenpaarung für die Bildung der mRNA herangezogen wird, sondern der komplementäre DNA-Strang, der template-Strang.
    mRNA ist somit der Abdruck des Abdrucks, das Negativ vom Negativ und entspricht dadurch wieder dem codierenden Strang der DNA (bis auf U statt T).

    Im übrigen finde ich die Fortschritte im Bereich der synthetischen Biologie, auch wenn Craig Venter sein Projekt etwas zusehr hochjubelte, faszinierend und denke wir stehen erst am Anfang einer Entwicklung deren Meilensteine wir nicht im Ansatz vorhersehen können. Wir befinden uns in einem Status, evtl. vergleichbar mit der Entdeckung der Metallbearbeitung oder der Nutzung der Elektrizität.
    Wo wären wir heute, wenn damals alle gesagt hätten:"Blitze sind nur Sache der Götter und so soll es bleiben." ?

    Redaktion

    Lieber Leser,

    Sie haben Recht. Es handelt sich bei TAG um ein Stopcodon. Ich habe einen erklärenden Absatz, der zunächst gekürzt wurde, wieder eingefügt.

    MfG, Kai Kupferschmidt

  5. Immun gegen fremdes Erbgut?
    Wenn verschiedene Ethnien/Völker auf komplett verschiedene Codons basieren, können diese sich untereinander nicht mehr Fortpflanzen? Also, um Rassenkreuzung zu verhindern?
    Ansonsten glaube ich nicht, dass das im Artikel beschriebene Verfahren eine Verbesserung bringt.
    Die Natur hat durch Jahrmillionen der Optimierung schon den besten Kompromiss herausselektiert.
    Die Entwicklung synthetischen Lebens, war in meinen selbstverfassten Geschichten schon vor Graig Venter ein Thema.
    Dass die DNA ein Programm ist, zeigt sich schon allein an dem fraktalen Aufbau vieler "komplexer" Organismen, wie z.B. die verästelung eines Baums, selbstähnlicher Blumenkohl und Farnblatt. Das deutet schonmal auf Iterationen bzw. Rekursionen, und damit auf Programmschleifen und Loops.
    Ausserdem dient es der genetischen Datenreduktion, vergleichbar mit fraktalen Dateikompressionsverfahren in der IT. Hier kommt aber noch eine Menge Statistik und Chaostheorie ins Spiel. Denn immerhin ist das Überleben des "Bestangepassten" nicht garantiert, sondern nur "sehr wahrscheinlich".

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    anstatt Sterilisation meinte ich genetische Inkompatibilität.
    Mir ist das Wort nicht eingefallen.

    anstatt Sterilisation meinte ich genetische Inkompatibilität.
    Mir ist das Wort nicht eingefallen.

    • FA39MD
    • 21.02.2011 um 17:35 Uhr

    Zitat:"...Das ermöglicht es, chemische Reaktionen ablaufen zulassen, die die Natur nie erfunden hat...."
    Genau hier liegt die Schnitt(schwelle) zur Gefährlichkeit. Gentechnisch veränderte Narungsmittelbestandteile, also ein Apfel ohne Pickel und Flecken? Die Industire und Marktstrategen fragen nicht nach Sinn und Unsinn - sie sehen nur neue Produkte ihrer Unternehmung - und fragen nicht nach "Was aber..." Für einen Unternehmer ist eine Risikobewertung einer Technologie hier zweitrangig - er würde nur das temporäre Geschäft sehen - den Profit von heute bis morgen Mittag. Und hier beginnt meine Frage: Wer denkt an langfristige Folgen? Ich bewundere Experimente mit humanen Zielen - vorausgsetzt, die Labortür ist abgeschlossen. Doch wenn etwas passiert - die Natur (da bin ich mir sicher) hat bestimmt eine Warmstarttaste - ein Rollback des Systems... Zum langfristigem Einschätzen von eigenen Fahrlässigkeiten haben wir nicht die Klasse - denn sonst würde es die Atombombe nie gegeben haben!

  6. anstatt Sterilisation meinte ich genetische Inkompatibilität.
    Mir ist das Wort nicht eingefallen.

    Antwort auf "Sterilisation?"
    • ollek
    • 21.02.2011 um 20:53 Uhr

    Mit Verlaub, ich glaube nicht daran, dass TAG ein Stoppcodon darstellt.
    In der Translation (Proteinbiosynthese) wird die mRNA abgelesen, was eine Negativkopie der DNA darstellt. Diese Negativkopie entsteht durch komplementäre Basenanlagerung von Nukleotiden an die DNA, wobei Thymin durch Uracil ersetzt wurde. Man kann daher von einer "Übersetzung" der DNA in mRNA sprechen, wobei TAG zu AUC wird. Laut Code-Sonne ist dieses Triplett für die Bildung der Aminosäure Isoleucin zuständig. Stoppcodons auf der mRNA stellen hingegen nur UAA, UAG und UGA dar.

    MfG

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