Die Griechen haben Troja nie erobert. Diese Feststellung ist das Ergebnis der Forschungsarbeiten von Professor Semple und Carl W. Biegen, die für die Universität Cincinnati von 1931 bis 1938 den Hügel von Hissarlik, auf dem Troja lag, untersucht haben. Der Hügel war in neun übereinanderliegenden Schichten besiedelt. Troja VII, das zeitlich ungefähr mit dem Beginn der griechischen Einwanderung in Kleinasien zusammenfällt, ist nie gewaltsam erobert oder verbrannt worden.

Als Xerxes nach Griechenland marschierte, besuchte er auch Troja. Bei dieser Gelegenheit wird die Stadt zum ersten Male in einem historischen Werk erwähnt, nämlich in Herodots Geschichte der Perserkriege. In jener Zeit war Troja bereits ein wohlsituierter Wallfahrtsort, der aus seiner ruhmreichen "Geschichte" großen Profit zog.

Als Alexander die Dardanellen überschritten hatte, schmückte er das angebliche Grab des Achilles, tauschte seinen Schild gegen den Athena Ilias, besuchte auch das Heimatmuseum mit den Reliquien troischer Helden und bestätigte dem Ort die schon von den Persern verliehene Autonomie.

Wie der Schweizer Edwin Zellwecker in seinem Buch "Troja – drei Jahrtausende des Ruhms" (Europa-Verlag, Zürich 1947) erzählt, findet sich in der Dichtung des sizilischen Griechen Stesichoros von der Heimkehr der Helden aus Troja die Wendung, daß Äneas, der Sohn des Priamos, nach dem sagenhaften Hesperien ausgewandert sei, unter dem man später Italien verstand. Andere berichteten, Äneas habe in Italien eine Stadt gegründet, die er nach einer Troerin, deren Name Rome war, Rom nannte. Durch diese Sagenwendung wurde Troja zu einem Alt-Rom und Rom zu einem Neu-Ilion.

Als sich König Pyrrhus mit den Tarentinern verbündete, erinnerte er sich, daß einer seiner Vorfahren im trojanischen Krieg gefallen sein sollte und betrachtete seinen Feldzug nach Italien als einen Rachezug gegen die Nachkommen der Troer. Dieser propagandistische Winkelzug machte aus den Römern endgültig Abkömmlinge Trojas und sie damit auch zu natürlichen Feinden der Griechen; später nutzten sie ihre trojanische Herkunft aus, um ihren rechtlichen Anspruch auf Kleinasien historisch zu beweisen.

133 v. Chr. "erbte" Rom Pergamon und übernahm den Schutz des kleinen Troja. Main freute sich so, als hätten sich Eltern und Kinder wiedergefunden. Das Gebiet der Stadt wurde vergrößert, sie erhielt die Herrschaft über Nachbarorte, und ein Senatsbeschluß bedachte sie mit Steuerfreiheit. Mit der Ausbreitung der römischen Macht nahm Troja seinen größten Aufschwung. Die großen Verkehrslinien führten zwar, wenn auch in nicht allzu großer Entfernung, an Troja vorbei, doch der Fremdenverkehr sicherte der Stadt ein steigendes Einkommen. Starke Unterstützung erhielt es von der Familie der Julier, die ihren Stammbaum durch geschickte Sippenforscher bis auf Ilos (Julos) – daher der Name –, den Enkel des Äneas, zurückführte. Der Führer der Familie war damit ein legitimer Nachkomme der Gründer Roms und hatte Anspruch auf die höchste Gewalt. Da Äneas ein Nachkomme der Aphrodite war, wurde die Göttin zur Stammutter der Julier. Julius Cäsar besuchte 48 v. Chr. persönlich die Heimat seiner "Vorfahren". Durch ihn erhielten ihre Einwohner das römische Bürgerrecht.

Das Blatt hatte sich gewendet. Griechenland hatte seine Macht verloren, Troja hatte Oberwasser. Es entstand eine Antihomerliteratur, die beispielsweise nachzuweisen versuchte, daß die Troer einschließlich ihres erlauchten Königssohnes Paris keine Schuld träfe. Es gab sogar Literaten, die behaupteten, daß Hektor den Achill getötet habe und daß nach der Niederlage der Griechen Äneas ausgeschickt wurde, um Italien in Besitz zu nehmen. Virgils Äneaslied, dessen Herausgabe von Augustus angeordnet wurde, machte die Abstammung des Kaiserhauses von Troja zum nationalen Mythos der Römer.