1953 hatte Heuss bei der Bildung der zweiten Regierung Adenauer die Wiederernennung des damaligen Justizministers Dehler wegen dessen zweifellos anfechtbaren Verhaltens gegenüber dem Bundesverfassungsgericht abgelehnt. Zu einem Konflikt ist es jedoch nicht gekommen, weil Adenauer daraufhin seinen Vorschlag zurückzog. Andererseits soll Heuss von Adenauer bei der ersten Nominierung zum Bundeskanzlerkandidaten im September 1949 Auskünfte über dessen Ministerliste und grundsätzlich geplanten Richtlinien erbeten haben. Adenauer entsprach diesem Wunsch nicht, und Heuss nahm die Ablehnung hin.

Bei der Bildung der zweiten Regierung Erhard nach der Wahl zum fünften Bundestag im Oktober 1965 waren Adenauer, der 1963 aus der Regierung ausgeschieden war, sowie dessen Anhänger der festen Absicht Erhards entgegengetreten, Schröder zum Außenminister und Mende, den damaligen Vorsitzenden der FDP, zum Minister für gesamtdeutsche Fragen wiederzubestellen. Ein beachtlicher Teil der Presse glaubte damals, gestützt auf private Äußerungen des Bundespräsidenten, Lübke werde die Wiederernennung Schröders und vielleicht auch Mendes aus politischen Erwägungen ablehnen. Aber Lübke ließ es im entscheidenden Moment doch nicht zum Konflikt kommen, sondern unterzeichnete die Bestellungsurkunde.

Würde der Bundespräsident die Ernennung oder Entlassung eines Ministers ablehnen, so könnte der Kanzler oder die Bundesregierung – aber sie müßten nicht – das Bundesverfassungsgericht anrufen und eine rechtsverbindliche Interpretation des Grundgesetzes anfordern. Das Gericht könnte dem Präsidenten das Ablehnungsrecht versagen oder es ihm zuerkennen. An dieses Urteil wären dann der amtierende Bundespräsident und alle seine Nachfolger gebunden.

Damit wäre zwar das verfassungsrechtliche Problem gelöst, aber nicht ohne weiteres das politische. Wohl ist es zweifelhaft, ob der Bundespräsident wegen fachlicher Befähigung oder politischer Richtungsvorstellung, die eng miteinander zusammenhängen können, Ministervorschläge des Kanzlers zurückweisen darf. Was aber ist, wenn begründete Bedenken gegen die politischmoralische Haltung des Vorgeschlagenen bestanden? Der Kieler Staatsrechtslehrer Menzel nennt drei Kriterien: Die Nichtachtung der demokratischen rechtsstaatlichen Ordnung, die Belastung durch Skandalaffären (Moral- und Finanzskandal) und den Amtsmißbrauch, also grobe Verletzung der Rechtsstaatlichkeit, – wobei es sich „nicht um strafrechtliche Tatbestände im engeren Sinne zu handeln braucht“.

In beschränktem Ausmaß kontrolliert der Bundespräsident die Gesetzgebung. Er unterzeichnet die von Bundestag und Bundesrat verabschiedeten Gesetze und verkündet sie durch Veröffentlichung im Bundesgesetzblatt. Erst danach treten sie in Kraft. Das gleiche gilt für die völkerrechtlichen Verträge. Er kann einmal formell prüfen, ob ein Gesetz verfassungsmäßig verabschiedet worden ist, zum andern materiell, ob es inhaltlich mit der Verfassung übereinstimmt.

Formell und materiell verfassungsmäßige Gesetze muß der Präsident unterzeichnen. Hier wirkt er nur als Staatsnotar. Verweigert er die Unterzeichnung, nicht aus sachlichen oder politischen Erwägungen, sondern aus verfassungsrechtlichen Gründen, so kann seine Entscheidung entweder hingenommen oder das Bundesverfassungsgericht angerufen werden. Der Bundespräsident hat eben in diesen Fällen nur ein suspensives, kein absolutes Vetorecht.

Gegen die Verabschiedung des Gesetzes zur Errichtung einer Stiftung „Preußischer Kulturbesitz“ durch den Bundestag hatte 1957 der Bundesrat Einspruch eingelegt. Den Einspruch hatte das Parlament durch qualifizierte Mehrheit überwunden. Bundesregierung und Bundestag vertraten die Auffassung, daß es sich um ein Einspruchsgesetz handele, der Bundesrat dagegen meinte, es sei ein Zustimmungsgesetz. Heuss teilte die Auffassung von Regierung und Parlament und unterzeichnete – gestützt auf sein formelles Prüfungsrecht – das Gesetz. Daraufhin rief der Bundesrat das Bundesverfassungsgericht an, das die Klage aber abwies. In ganz wenigen Fällen haben sowohl Heuss wie Lübke die Unterzeichnung von Gesetzen aus Gründen materieller Prüfung abgewiesen, ohne daß deswegen das Bundesverfassungsgericht angerufen wurde. Die negative Entscheidung des Bundespräsidenten, eben durch Unterlassung der Unterzeichnung, wurde respektiert.