Zurück in Harvard, bekam er plötzlich B’s (gut); 1940 schaffte er den Abschluß cum laude. Für seine schriftliche Arbeit wurde er gar mit magna cum laude ausgezeichnet. Seine These: Das Münchner Abkommen sei nicht zu kritisieren, allenfalls tiefliegendere Faktoren wie die öffentliche Meinung in Großbritannien und der Zustand der britischen Rüstung, welche eine "Kapitulation" vor Hitler unvermeidlich gemacht hätten.

Die Folgen der von ihm selber befürworteten langen Isolation der Amerikaner, des britischen Appeasements und der späten Aufrüstung der Alliierten mußte Kennedy fast mit dem eigenen Leben bezahlen. Nach einem rigorosen Ertüchtigungsprogramm hielt ihn die Marine im Jahre 1941 für kräftig genug, um ihn aufzunehmen, setzte ihn aber gleich an einen Schreibtisch in Washington. Mit Hilfe seines einflußreichen Vaters ließ er sich an die Front versetzen (ganz anders als der neue Vizepräsident Dan Quayle, der sich zwar gerne als zweiter Kennedy sähe, aber seinerseits des Vaters Hilfe benutzte, um den Einsatz im Vietnamkrieg zu vermeiden). Als Kommandeur des Schnellbootes PT-109 kreuzte Kennedy eines Nachts in der Nähe der Salomonen, als plötzlich der japanische Zerstörer Amagiri aus dem Dunkel auftauchte, auf das PT-109 zuhielt, es rammte, in zwei Teile zerschnitt und, ohne die Fahrt zu verlangsamen, davondampfte.

Sechs Tage später wurden Leutnant Kennedy und drei seiner Leute auf einem Atoll gefunden. Selber am Rücken verletzt und an Brandwunden leidend, hatte er den noch schwerer verwundeten Kameraden geholfen, sich erst am Restrumpf des Bootes festzuhalten, bis dieser sank, dann zu einer Insel zu schwimmen, hatte versucht, schwimmend und später in einem Eingeborenenkanu paddelnd, Hilfe zu finden. Kennedy wurde mit dem Orden Purple Heart ausgezeichnet. Aber seine Laufbahn als Marineoffizier war beendet, die erneute Rückenverletzung und eine schwere Malaria nahmen ihm die Kraft. Abgemagert wurde er in die Heimat geschickt, wo er den Rest des Krieges meistens in Spitälern verbrachte.

In Boston erfuhr er vom Schicksal des älteren Bruders Joseph, der sich bis zum Tode als der größere Draufgänger bewiesen hatte. Joseph war am 12. August 1944 in England mit einem experimentellen Flugzeug vom Typ "Liberator" (Befreier) mit 22 000 Pfund TNT an Bord gestartet. Der Auftrag: Der Bomber sollte in die Luft gebracht, die damals noch rudimentären Autopiloten sollten auf eine deutsche V-2-Raketen-Stellung eingestellt werden; Pilot und Copilot wollten sich dann mit dem Fallschirm in Sicherheit katapultieren. Doch der "Liberator" explodierte noch vor der britischen Küste. Joseph war sofort tot.

Der Schatten des Bruders wich nie von John F. Kennedy. Aber des Bruders Kraft und Mut dürften ihm stets auch Ansporn gewesen sein, es nun noch besser zu machen. Sechs Jahre war er Abgeordneter, acht Jahre Senator in Washington. Sechzehn Jahre nach des Bruders Tod zog er ins Weiße Haus ein. Nicht nur war er der jüngste Präsident, er war auch derjenige, der dem bis dahin ältesten, dem über siebzig Jahre alten Exgeneral Dwight D. Eisenhower, ins Oval Office folgte. Und er war der erste Katholik, dem die überwiegend protestantischen Amerikaner die Spitze des Staates anvertrauten.

In seiner Antrittsrede versprach Kennedy Frieden und Wohlstand. Aber der unvergeßliche Kernsatz war sein Appell an den Einzelnen, zu geben und zu dienen, nicht etwa an den Staat, für seine Bürger zu sorgen: "Frag nicht, was dein Land für dich tun kann, frag, was du für dein Land tun kannst."

Kaum im Amt, geriet der Präsident in den Schlamassel der Interventionspolitik. Kubanische Freischärler im amerikanischen Exil wollten mit Hilfe der CIA dem Revolutionär Fidel Castro die Zuckerinsel wieder entreißen. Bay of Pigs – Schweinebucht – hieß das Desaster, benannt nach der Stelle, wo die Invasionstruppe aufgerieben wurde, als sie vergeblich auf die versprochene amerikanische Hilfe wartete.