Im Juni 1934 berief ihn der frischgebackene Reichserziehungsminister Bernhard Rust dann auch noch zum Präsidenten der „Notgemeinschaft der Deutschen Wissenschaft“, der späteren „Deutschen Forschungsgemeinschaft“. Damit besaß Stark eine unerhörte Macht innerhalb der Gelehrtenwelt. Aber er sollte sie nicht lange behalten. So gut es ging, widersetzten sich die Wissenschaftler seinen Ambitionen, wobei sich besonders der mutige Max von Laue hervorgetan hat. Aber in seiner wenig kooperativen Art verscherzte es sich Stark bald auch mit Rust und mit der SS, gegen deren Einfluß auf seinen Amtsbereich er entschiedenen Widerstand leistete.

Bereits 1936 mußte Stark als Präsident der Forschungsgemeinschaft abtreten. Ihm wurde die dubiose Finanzierung seines Projektes, Gold aus deutschen Mooren für Hitler zu gewinnen, angelastet. Drei Jahre später verlor er auch seinen Posten bei der Reichsanstalt. Ein Kundiger urteilte, Stark habe den Reichsführer SS Heinrich Himmler unterschätzt, Rosenberg überschätzt und seine eigenen Beziehungen zu Hitler überbewertet.

Der empfindlichste Schlag war der physikalischen Wissenschaft in Deutschland aber ohnehin nicht von Lenard und Stark versetzt worden, sondern von der Entlassungspolitik der Nazi-Behörden. Man schätzt, 25 Prozent der Physiker seien nach 1933 ihrer Ämter enthoben worden – vor allem theoretische Physiker –, zumeist nur, weil sie Juden waren. Dazu zählen die Physik-Nobelpreis träger Albert Einstein, James Franck und Erwin Schrödinger (der allerdings kein Jude war, sondern aus politischen Gründen ging); auch Victor Hess, Otto Stern, Felix Bloch, Max Born, Eugene Paul Wigner, Hans Albrecht Bethe und Dennis Gabor, denen später ein Nobelpreis verliehen wurde, mußten Deutschland verlassen.

Trotz dieses Aderlasses war 1937 der Machtkampf zwischen „deutscher“ und theoretischer Physik noch keineswegs entschieden. Es fanden sich immer noch etliche „Statthalter des Einsteinschen ‚Geistes‘ im neuen Deutschland“. Als solchen hatte Stark auch den bedeutenden Theoretiker Arnold Sommerfeld (1868-1951) erspäht, für dessen Professur in München gerade ein Nachfolger gesucht wurde. Wunschkandidat von Sommerfeld und der Fakultät war der Nobelpreisträger Werner Heisenberg (1901-1976). Kein Wunder also, wenn sich der giftige Artikel im Schwarzen Korps besonders gegen diesen Kandidaten richtete.

Stark schreibt dort: „1933 erhielt Heisenberg den Nobelpreis zugleich mit den Einstein-Jüngern Schrödinger und Dirac – eine Demonstration des jüdisch beeinflußten Nobelkomitees gegen das nationalsozialistische Deutschland, die der Auszeichnung‘ Ossietzkys gleichzusetzen ist.“ Und abschließend heißt es dann über diesen „,Ossietzky’ der Physik“: „Heisenberg ist nur ein Beispiel für manche andere. Sie allesamt sind Statthalter des Judentums im deutschen Geistesleben, die ebenso verschwinden müssen wie die Juden selbst.“

Solches im Blatte Heinrich Himmlers, des obersten Polizeigewaltigen im „Dritten Reich“, lesen zu müssen, konnte wahrlich nichts Gutes verheißen. Deshalb richtete der „Ossietzky der Physik“ eine Eingabe an den Reichsführer SS, worin er um den Schutz der Reichsregierung vor weiteren derartigen Angriffen bat. Die Antwort ließ ein Jahr auf sich warten, und Heisenberg trug sich schon mit Plänen, Deutschland zu verlassen, als ihn schließlich im Juli 1938 ein Schreiben Himmlers mit folgenden markigen Worten erreichte:

„Ich habe, gerade weil Sie mir durch meine Familie empfohlen wurden [der Vater Himmlers und der Großvater Heisenbergs waren Schulkollegen gewesen], Ihren Fall besonders korrekt und besonders scharf untersuchen lassen.“ Der Brief war eine vollständige Rehabilitierung des theoretischen Physikers, denn Himmler erklärte wörtlich, „daß ich den Angriff des Schwarzen Korps ... nicht billige und daß ich unterbunden habe, daß ein weiterer Angriff gegen Sie erfolgt“.