Nach abenteuerlicher Flucht aus dem KZ Auschwitz meldeten sich im Mai 1944 zwei junge Juden, Rudolf Vrba und Czeslaw Mordowicz, bei der vatikanischen Vertretung in Preßburg mit einem Bericht, in dem 29 Seiten lang alle Einzelheiten der ungeheuerlichen Menschenvernichtungsmaschinerie aufgezeichnet waren. Um die Glaubwürdigkeit der Zeugen zu prüfen, ließ sie Burzio bei einem geheimen Treffen im Piaristenkloster von Svaty Jur (dreizehn Kilometer von Preßburg) durch seinen Kollegen, Monsignore Martilotti, in ein sechsstündiges Kreuzverhör nehmen.

Martilotti gehörte eigentlich zur Nuntiatur in Bern, wohin er wieder zurückkehrte, und so kam es, daß der Auschwitz-Bericht sogar zweimal – aus der Slowakei und aus der Schweiz – an den Papst geschickt wurde. Dennoch lag er dort erst fünf Monate später vor, am 22. Oktober 1944. Nur weil Rom inzwischen von den westlichen Alliierten besetzt und die Kurierpost aus dem deutschen Machtbereich behindert war? Oder wollte man es auch dort so genau nicht wissen?

Burzio fühlte sich jedenfalls durch dieses Auschwitz-Protokoll bestärkt, seinen harthörigen geistlichen Mitbruder Tiso noch energischer vor weiteren Judenverfolgungen zu warnen. Dies wurde auch deshalb wieder dringlich, weil im Sommer 1944 in der Slowakei ein bewaffneter Aufstand, unterstützt aus London und Moskau, gegen die (seit Stalingrad zurückmarschierenden) Deutschen, aber auch gegen das Tiso-Regime ausgebrochen war.

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Die noch nicht deportierten Juden, die natürlich mit dem Aufstand sympathisierten, galten jetzt als besonders "gefährliches Element". Am 15. September 1944 telegraphiert Burzio nach Rom: "Nach dem Eintreffen deutscher Truppen haben Massenverhaftungen von Juden begonnen." Am 29. September, als in Preßburg selbst zweitausend Juden, viele aus Klöstern, wo sie versteckt worden waren, zusammengetrieben und mißhandelt werden, eilt Burzio zum Präsidenten, um "wenigstens für die Getauften" Gnade zu erbitten. Doch nicht einmal jetzt, da er sich mehr denn je mit "deutschem Druck" entschuldigen könnte, regt sich bei Tiso ein Funke von Einsicht.

"Ich fand bei ihm keinerlei Verständnis", berichtet Burzio noch am 6. Oktober 1944 dem Vatikan. "Nicht einmal ein Wort des Mitgefühls für die Verfolgten. Er sieht in den Juden die Ursache aller Übel und verteidigt die Maßnahmen der Deutschen gegen die Juden als aufgezwungen durch die höheren Notwendigkeiten des Krieges."

Noch drei Wochen später ist die Deportationswelle und "die Jagd auf versteckte Juden" trotz der Proteste Burzios unvermindert im Gang, so berichtet dieser am 26. Oktober und bezeichnet Regierung und Präsident als "servile Exekutoren". Jetzt endlich entschließt sich Pius XII. zu einem persönlichen energischen Schritt. Eigenhändig redigiert der Papst die Anweisung an Burzio: