Besonders grotesk mutet es an, wie man auf seine Behauptungen hereinfallen konnte, er habe einen Rabbiner zu einer Trauerfeier auf dem Friedhof zugelassen und die Auswanderungshilfe des "Büros Pfarrer Grüber" unterstützt.

Belege dafür gibt es nicht. Belegt hingegen sind zwei andere Episoden: In Themels Hausgemeinde Luisenstadt, in der nichts gegen seinen Willen durchging, wurde eine "nichtarische" Kindergärtnerin entlassen. Im November 1934 beschloss der Gemeindekirchenrat: "Die Beisetzung von Verstorbenen jüdischer Herkunft auf unseren Friedhöfen wird in Zukunft abgelehnt." Als bald darauf die Witwe eines "nichtarischen" Christen das Konsistorium bat, die Urne ihres verstorbenen Ehemanns auf dem Friedhof der Luisenstadtgemeinde beisetzen zu dürfen, lehnte Themel dies ab.

Der Urteilsspruch der kirchlichen Spruchkammer von 1949 ("Versetzung in eine andere Pfarrstelle") bedeutete faktisch einen wesentlichen Schritt zu Themels Rehabilitierung. Nun hatte er wieder Anspruch auf eine Pfarre in seiner kirchlichen Heimatprovinz. Was als Ahndung gedacht war, gereichte ihm tatsächlich zur Belohnung

1952 wurde ihm ein Berlin-nahes Pfarramt in Markau (Kreis Nauen) zugewiesen.

Kaum war er wieder in Amt und Würden, wandelte sich auch schon sein Ton gegenüber der Kirchenleitung und nahm bisweilen renitente Färbung an, die den alten Geist durchscheinen ließ. So distanzierte er sich 1952 in einem geharnischten Schreiben von der Barmer Theologischen Erklärung des Jahres 1934. In ihr sah er den Sieg des reformierten Schweizer Theologen Karl Barth über die Altpreußische Kirche, die doch im Kern stets lutherisch geblieben sei.

Emeritiert, zog Themel nach West-Berlin, wo er, im Schatten des Kalten Krieges, bald zu neuen Ehren kam. Das Berliner Konsistorium bestellte ihn, den Herrn der Kirchenbücher, zum nebenamtlichen Sachbearbeiter für das Archiv- und Kirchenbuchwesen. Aus der Rückschau eine durchaus delikate Situation: Themel hatte nun als Archivar der Kirchenprovinz Berlin-Brandenburg exklusiven Zugang zu allen kirchlichen Aktenbeständen, die noch mancherlei für ihn und seine Gesinnungsgenossen gefährliche Geheimnisse aus der Hitlerzeit bargen. Anlässlich seines 75. Geburtstags 1965 erhielt er vom Konsistorium anerkennende Worte und "10 Flaschen Sekt". Der "Herold" (Verein für Heraldik, Genealogie und verwandte Wissenschaften zu Berlin), dem er seit 1941 angehörte, verlieh ihm zum 80. Geburtstag den Ehrentitel der korrespondierenden Mitgliedschaft. In einem ausführlichen Brief beklagte er sich 1971, dass er "sehr schwere Kämpfe in der Christenverfolgung" habe durchmachen müssen, welche die Bekennende Kirche nach 1945 veranstaltet habe.

Als er 1973 starb, würdigte Volkmar Drese, Archivar beim Konsistorium Berlin-Brandenburg, Themels Tätigkeiten: "Den von ihm entwickelten Methoden und seiner Initiative ist zu danken, daß in den Folgejahren [seit 1935] die Kirchenbücher der Berliner Gemeinden von Beginn bis 1875 fast lückenlos verfilmt und damit nach dem in den Kriegsjahren bis 1945 eingetretenen Verlust der meisten Originale in dieser Form als die wesentlichen Quellen zur Berliner Bevölkerungsgeschichte überliefert worden sind. Durch unermüdlichen Fleiß, Hilfsbereitschaft und leidenschaftliches Interesse an der Genealogie hat Karl Themel weit über die Grenzen unserer Stadt und des Landes Brandenburg hinaus der wissenschaftlichen Genealogie einerseits und der Familienforschung im speziellen andererseits außerordentlich wertvolle Dienste geleistet."