Bereits wenige Tage nach der Besetzung kam es zu gewaltigen Explosionen in einigen von der Wehrmacht genutzten Gebäuden des Stadtzentrums: Die Rote Armee hatte sie vor ihrem Rückzug mit Sprengkörpern regelrecht unterminiert.

Mehrere hundert Wehrmachtangehörige und etliche Einwohner kamen dabei ums Leben. Die deutschen Offiziere in Kiew spürten nunmehr das dringende Bedürfnis, "einen Schuldigen zu finden".

In dieser Atmosphäre trafen die führenden Funktionsträger der Besatzungsorgane in Kiew zu einer Besprechung zusammen, um - wie es in den SS-Dokumenten irreführend heißt - über geeignete "Vergeltungsmaßnahmen" zu beraten. Sie fand am 26. September 1941 in den Diensträumen des Stadtkommandanten, Generalmajor Kurt Eberhard, im so genannten Zarenschlösschen, statt. Neben dem Wehrmachtgeneral und etlichen SS-Führern nahm auch - als Verbindungsoffizier des in Kiew stationierten XXIX.

Armeekorps - dessen Feindnachrichten-Offizier (I c), Major Gerhard Schirmer, teil. In dieser Besprechung kamen die SS- und die Wehrmachtoffiziere zu der Entscheidung, einen Großteil der Kiewer Juden zu töten. Festgelegt wurde auch, "daß sich die Juden der Stadt zu einer sogenannten Evakuierung sammeln sollten". Bei ihrem Vorhaben konnten sie sich - vor dem Hintergrund der bereits in den zurückliegenden Monaten praktizierten Vernichtungspolitik - vollständig von Reichenau, dem höchsten Repräsentanten der Wehrmacht in Kiew, gedeckt fühlen. Wahrscheinlich gab es bei den Planungen zur Ermordung der Kiewer Juden direkte Absprachen zwischen Blobel und von Reichenau. Letzterer war im Übrigen zum Zeitpunkt des Massakers "Inhaber der vollziehenden Gewalt" in Kiew.

Bei dieser und weiteren Besprechungen war auch der - dem Sonderkommando 4a angehörende - SS-Obersturmführer August Häfner anwesend. Vor dem Darmstädter Landgericht charakterisierte er 1968 die vereinbarte Arbeitsteilung zwischen SS und Wehrmacht: "Wir mußten die Drecksarbeit machen. Ich denke ewig daran, dass der Generalmajor Eberhard in Kiew sagte: ,Schießen müßt ihr!'" Der General hatte gegen den Mordplan also nicht nur nichts einzuwenden, sondern er forcierte ihn angesichts der aktuellen Vorkommnisse noch, wie aus einer Ereignismeldung der SS vom 28. September 1941 nach Berlin hervorgeht: "Wehrmacht begrüßt Maßnahmen und erbittet radikales Vorgehen."

Bei der Sprachregelung, dass die Kiewer Juden als "Vergeltung" getötet werden müssten, handelte es sich um ein Ablenkungsmanöver. Die deutschen Offiziere nahmen die Sprengstoffattacken zum Vorwand für die ohnehin geplante Ermordung auch der Kiewer Juden. Der Begriff "Vergeltung" sollte den Anschein einer militärischen Notwendigkeit erwecken und die Aktion damit vor den Angehörigen der SS und der Wehrmacht legitimieren.

Mit der Durchführung der "Aktion" wurde das Sonderkommando (SK) 4a unter SS-Standartenführer Blobel beauftragt. Das SK 4a hatte in den zurückliegenden Monaten bereits in einer Vielzahl von Massenerschießungen seine mörderische Effizienz unter Beweis gestellt. Diesem Kommando gehörten Angehörige der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes (meist frühere Gestapo- und Kriminalbeamte) sowie eine Kompanie eines Waffen-SS-Bataillons z.b.V. und ein Zug eines Polizeibataillons an. Zur Verstärkung wurden zwei weitere Polizeibataillone und Einheiten der ukrainischen Hilfspolizei zugezogen.