Müller sah rückblickend Adenauer als den eigentlichen Drahtzieher seines Sturzes. Der damalige Müller-Intimus August Haußleiter glaubt dagegen beobachtet zu haben, dass der immer wichtiger werdende Strauß gegen seinen eigenen Ziehvater intrigierte. Jedenfalls blieb Strauß auch unter dem neuen Parteivorsitzenden Generalsekretär.

Zwei Jahre später, 1951, geriet Müller, noch immer Justizminister, in die nächste Affäre. In der Hoffnung, damit in der Öffentlichkeit zu punkten, griff er Philipp Auerbach an, den kommissarischen Leiter des bayerischen Landesentschädigungsamtes. In seiner Funktion half Auerbach, der als Jude selbst verfolgt worden war, Naziopfern auf unbürokratische Weise. Er wurde verhaftet und wegen Unterschlagung angeklagt. Von den ursprünglichen Vorwürfen entlastet, verurteilte ihn Bayerns Justiz gleichwohl wegen Bestechung und Untreue zu zweieinhalb Jahren Haft. Auerbach nahm sich das Leben. Seine Beerdigung wurde zu einer Demonstration. "Josef Müller, bist du nun zufrieden?" war auf einem Transparent zu lesen. Schließlich wurde ruchbar, dass Müller selbst vom bayerischen Landesrabbiner Aaron Ohrenstein eine Spende in Höhe von 20 000 Mark erhalten hatte. Ein gefundenes Fressen für Hundhammer. Erneut lief er zu Hochform auf. Müller verlor sein Ministeramt - und verschwand in der Versenkung.

Doch die beiden größten Hoffnungen der Altbayern in der CSU wurden bitterlich enttäuscht: dass nämlich in die Partei, nach dem unrühmlichen politischen Ende ihres Gründers, Ruhe einkehren und dass der Hundhammer-Flügel endlich, endlich die Zügel in die Hand bekommen werde. Denn unglückseligerweise hatten die Amerikaner noch 1948, nach langem Zögern, die Bayernpartei auf Landesebene zugelassen. Die BP vertrat, beim Monarchismus angefangen, alles, was der Hundhammer-Flügel auch wollte - nur noch radikaler (bis auf eine Ausnahme: Die Partei gab sich antiklerikal; das entsprach der Tradition der Bauernverbände).

In der CSU hatte dies helles Entsetzen ausgelöst. Und tatsächlich: Nach dem glänzenden Ergebnis der ersten Wahlen war es schon bei den Kreistagswahlen im April 1948 heftig bergab gegangen; bei der ersten Wahl zum Bundestag 1949 erhielt die CSU bayernweit nur noch 29,2 Prozent, im Jahr darauf bei der zweiten Landtagswahl klägliche 27,4 Prozent. Die Bayernpartei eroberte 17,9 Prozent.

Und während die konservative Konkurrenz immer stärker in den internen Dauerstreit hineinzuwirken begann, sollte es noch schlimmer kommen: 1954 sah sich die CSU unversehens auf den Oppositionsbänken. Eine bis dahin für undenkbar gehaltene Koalition von SPD, BP, FDP und der Vertriebenenpartei BHE übernahm die Macht im Freistaat. Unter der Führung des sozialdemokratischen Erzbajuwaren Hoegner regierte der skurrile Viererbund bis 1957 - zusammengehalten vor allem durch die Gegnerschaft zur (noch immer) stärksten Partei. Die Stimmung in der CSU war auf dem Tiefpunkt.

Es schlug die Stunde der Jungen: Franz Josef Strauß, Friedrich Zimmermann und andere wollten jetzt einen neuen Anfang machen. Sie gaben sich als Pragmatiker, ignorierten die Vergangenheit und alle internen Kämpfe. Während der Auerbach-Affäre fiel der berühmt-berüchtigte Satz von Franz Josef Strauß: "Wir wollen einmal Ruhe haben von diesem Dreck in unserer Partei, dass man entweder im Sog von Hundhammer und Müller oder von Juden in solche Drecksgeschichten gezogen wird."

Dem Aplomb der Jungen hatten die Altvorderen beider Flügel nichts entgegenzusetzen. Müller, dem noch der Münchner CSU-Vorsitz geblieben war, unterlag 1959 bei den OB-Wahlen dem 34-jährigen SPD-Mann Hans-Jochen Vogel. Es war Müllers letzter Kampf für die CSU. 1979 ist er gestorben. Sein alter Widersacher Hundhammer durfte noch bis 1969 im Kabinett von Alfons Goppel als Landwirtschaftsminister amtieren; er starb 1974.