Anfang 1945 schufteten hier rund 35.000 Häftlinge; jetzt kamen – direkt aus Auschwitz und wenig später aus Groß-Rosen – weitere 15.000 Menschen dazu. Sie waren, nach den endlosen Märschen, nach Tagen in eiskalten Waggons ohne jede Verpflegung, in einem erbärmlichen Zustand. Als bei der Ankunft der ersten Züge Ende Januar auf der Bahnhofsrampe des Hauptlagers Dora und auf dem Bahnhof in Nordhausen die Türen geöffnet wurden, befanden sich in manchen Waggons nur noch steif gefrorene tote und sterbende Menschen.

Bei den Insassen von Dora und den anderen Mittelbau-Lagern muss der Anblick blankes Entsetzen hervorgerufen haben. In kaum einem Erinnerungsbericht fehlen Passagen zur Ankunft der Transporte aus Auschwitz. Der Grieche Anton Luzidis, der gezwungen worden war, die Toten und Sterbenden zu "entladen", berichtete nach seiner Befreiung im Mai 1945: "Diese Tage waren für mich die schrecklichsten in meinem Leben, und ich werde sie nicht vergessen. […] Wenn wir die Toten anfassten, so blieben uns öfter Arme, Beine oder Köpfe in den Händen, da die Leichen gefroren waren."

Mindestens 464 der Auschwitz-Häftlinge waren nach erhalten gebliebenen Unterlagen der SS bei ihrer Ankunft bereits gestorben. Wie viele Menschen tatsächlich tot aus den Waggons geborgen wurden oder kurz nach der Ankunft in Dora (oder in der Nordhäuser Boelcke-Kaserne, in der die SS das zentrale Siechen- und Sterbelager von Mittelbau eingerichtet hatte) umgekommen sind, lässt sich nicht mehr feststellen. Jedenfalls reichten die Kapazitäten des eigenen Krematoriums bei weitem nicht aus, um sämtliche Tote einzuäschern. Die SS ließ daher Scheiterhaufen aus Bahnschwellen und Dachpappe errichten, auf denen in mehreren Schichten Dutzende von Leichen verbrannt wurden. Tagelang sollen die Feuer gelodert haben, berichteten später Anwohner und überlebende Häftlinge. In der klaren Winterluft war der Rauch weithin zu sehen.

"War Auschwitz die heiße Hölle gewesen, so war Dora die kalte Hölle", schrieb der langjährige Vorsitzende des internationalen Auschwitz-Komitees Hans Frankenthal kurz vor seinem Tod im Jahr 1999. Er gehört, wie übrigens auch der Schriftsteller Jean Améry, der spätere Vorsitzende des Zentralrates der Juden in Deutschland Heinz Galinski und die spätere Präsidentin des Europäischen Parlamentes Simone Veil, zu denen, die beide Höllen überlebt haben.

Tatsächlich kann Mittelbau als Fortsetzung von Auschwitz gelten, und das nicht nur wegen der Aufnahme mehrerer tausend Häftlinge aus dem geräumten KZ und der Einrichtung einer "Abwicklungsstelle KL Auschwitz" in Mittelbau. Zeitgleich mit den "Evakuierten" trafen nämlich auch mehrere hundert SS-Angehörige aus Auschwitz ein, darunter der gesamte Kommandanturstab unter SS-Obersturmbannführer Richard Baer, der Kommandant des Auschwitzer Stammlagers gewesen war und am 1.Februar zum neuen (und letzten) Kommandanten des Harzer Lagers ernannt wurde.

Eine seiner ersten Amtshandlungen in Mittelbau bestand darin, dass er fast alle wichtigen Posten im Lager durch Auschwitzer SS besetzte. So übernahm der bisherige Auschwitzer Schutzhaftlagerführer Franz Hößler die Leitung des Häftlingslagers Dora. Neuer Standortarzt wurde Eduard Wirths, der diesen Posten in Auschwitz schon seit 1942 bekleidet hatte und damit Vorgesetzter von Josef Mengele und anderen berüchtigten SS-Ärzten gewesen war. Auch die wichtige Arbeitseinsatz-Dienststelle, welche die Zwangsarbeit koordinierte, wurde durch bewährtes SS-Personal übernommen: Neuer Arbeitseinsatzführer wurde Obersturmführer Maximilian Sell, der eine Reihe weiterer SS-Angehöriger aus dem Arbeitseinsatzbüro in Auschwitz mitbrachte. Schließlich wurde auch die Leitung der als "Politische Abteilung" bezeichneten Lagerdependance der Gestapo mit einem alten Auschwitzer besetzt: Hans Schurz hatte bereits dort diese Abteilung geleitet.

Die neue Führung trug wesentlich zur Verschärfung des Terrors bei. Im Februar und März 1945 wurden an einigen Tagen über 30, einmal sogar über 50 Häftlinge gleichzeitig erhängt. In den meisten Fällen waren die Opfer sowjetische Kriegsgefangene und Zwangsarbeiter, denen SS und Gestapo Sabotage in der Raketenproduktion vorwarfen. Bei nahezu jeder dieser Exekutionen zwang man alle Häftlinge dazu, sich das grausame Schauspiel anzusehen.