Der Wiener Freimaurer Anton Kreil hielt 1785 vor seiner Loge und in Anwesenheit von Wolfgang Amadeus Mozart einen Vortrag, in dem er sich die Frage stellte, die bis heute die Freimaurer beunruhigt, nämlich, was es mit dem Geheimnis auf sich habe, dessen Wissen die Brüder vereint und das sie zu absolutem Schweigen verpflichtet. In der Tat, worin besteht das Arkanum eines Bundes, der sich den Prinzipien der Vernunft unterstellte und nichts mehr verachtete als den so genannten Priesterbetrug, die pia fraus der religiösen Illusionen. Keil spricht hier selbstaufklärerisch das Paradox eines Mysteriums ohne Geheimnis aus. Vielleicht ist die Erfahrung der Geheimnislosigkeit ja der eigentliche Thrill aller Mysterienbünde, angefangen im Altertum, auf das sich spätere Bünde stets berufen.

Kreil beging 1785 nun nicht den Fehler, das fehlende Geheimnis nachliefern zu wollen, sondern er machte einen listigen Vorschlag. Das Geheimnis der Freimaurerei könne "vernünftigerweise" niemals "ein Gegenstand des Suchens unserer Brüder werden"; sie sollten vielmehr die schiere Existenz ihres Bundes als Ausdruck der "ägyptischen Geheimnisse" begreifen, die sich der Freimaurer als "Vehikulum oder Fortleiter" bedienten. Das Mysterium lebt "unter den Bedingungen der Vergessenheit" fort, wie Jan Assmann in seiner Studie zur Zauberflöte schreibt. Die Freimaurerei hütet also kein Geheimnis, sie trägt vielmehr in ihren Bräuchen das Geheimnis weiter: Der Ritus ist die Botschaft. Das könnte Mozart und seinen Librettisten und Maurerkollegen Schikaneder interessiert haben, als sie wenige Jahre später eine Oper schufen, die beinahe unter dem Titel Die Egyptischen Geheimnisse auf die Bühne gekommen wäre.

Jan Assmann ist Ägyptologe, aber er macht sogleich klar, dass Die Zauberflöte nicht in Ägypten spielt und dass seine Hausdisziplin eigentlich wenig ausrichten kann, es sei denn, sie interessiert sich für einige sehr schwa- che Nachlebenszeichen Ägyptens. Assmann entschädigt uns durch ein stupendes close hearing der Oper, das an Eleganz und Evidenz viele musikologische Arbeiten übertrifft. Seine ebenso werknahe wie kontextsichere Studie stellt er in die Tradition einer im 19. Jahrhundert beginnenden Forschung, die sich auf die Freimaurerei und ihre Wiener Variante bezieht. Assmann überbietet dieses Erklärungsmodell.

Assmann ist viel zu sehr Strukturalist und Kulturtheoretiker, als dass ihn eine "Entschlüsselung" der Oper entlang bestimmter Symbole und Motive interessieren könnte. Die Zauberflöte, die ja ein magisches Objekt im Titel führt, hat zu vielen allegorischen Deutungen Anlass gegeben. Das Freimaurertum, aber auch die Alchemie, die Rosenkreuzer, die Kabbala und was an Geheimwissenschaften sonst noch im Angebot war, inspirierte den bekannten Typus der alles erklärenden Symboldeuterei. Assmanns Auffassung zielt auf die größere Struktur. Einer ebenso etablierten Auffassung folgend, begreift er die Oper als "Mysterienspiel", und zwar als eines, das sein Publikum zu Mitspielern macht: "Die Zauberflöte bringt ein Ritual auf die Bühne und lässt es nicht nur vor den Zuschauern ablaufen, sondern bezieht diese auch auf eine ebenso subtile wie intensive Weise in dieses Ritualgeschehen ein."

In einer zweiten Hinsicht überbietet Assmann die Erklärer der Zauberflöte aus dem Geist der Freimaurerei, indem er sich sehr viel genauer auf die Interessen der Wiener Logenbrüder einlässt. Bei ihnen versammelte sich eine Zeit lang die Crème de la Crème der Hauptstadt. Die Blütezeit der Bewegung war kurz, sie reichte von 1780 bis 1785; als Die Zauberflöte uraufgeführt wurde, 1791, da kriselte es schon, und es lassen sich Argumente für eine Verarbeitung der Kontroversen in der Oper finden. Von außen unter politischen Druck gesetzt, von innen durch Flügelkämpfe geschwächt, wurden die Logen 1795 verboten.

Die Wiener Freimaurerei fungierte damals als eine Art Akademie, deren Programm sich wie ein Projekt der Deutschen Forschungsgemeinschaft liest – das große Thema hieß Mysterien in Geschichte und Gegenwart. Von daher leitet sich Assmanns Hauptthese ab: "Nicht irgendeine diffuse ›Ägyptomanie‹, sondern das leidenschaftliche Interesse an Mysterien, alten und neuen, bildet den geistigen Kontext und Nährboden der Oper." Das Repertoire an Strukturmotiven wie Tod und Wiedergeburt, Prüfungen, Übergangsriten, Täuschung und Ent-Täuschung, Verwandlung et cetera ist aus diesen Vorgaben so komplett übernommen, als würde eine Checkliste abgearbeitet. Ergiebiger wird diese Bezugnahme durch die Weise, wie die Wiener Mysterienforscher sich Nutzen und Sinn der ägyptischen Geheimnisse zurechtlegten. Doppelungen und starke Gegensätze formieren bekanntlich die Figurenkonstellation: Tamino und Pamina, Papageno und Papagena, die Königin der Nacht und Sarastro, die drei Damen und die drei Knaben. Die Formel "Opera seria trifft Volkstheater" hat bisher die Last der Erklärung dieser Struktur getragen. Assmann zieht nun einen weiteren Rahmen. Die Vielfalt der Antagonismen reduziert sich für ihn auf die zwei Hauptgegensätze: Aberglaube und Weisheit, Hoch und Niedrig.

Assmann bringt zur Verknüpfung des Gevierts den seit Bischof Warburton (The Divine Legation of Moses, 1738–41) aktuellen Leitbegriff der religio duplex ins Spiel, der zunächst eine Koexistenz von Volksreligion und Elitereligion meint. Dieses Verhältnis lässt sich im Sinne einer "politischen Theologie" verschieden bestimmen: Man kann dem Aberglauben eine nützliche Funktion bei der Stillstellung des "gemeinen Haufens" zubilligen und die aufgeklärte Religion für die Eliten reservieren, oder man macht mit dem Ideal einer Gleichheit aller ernst und erkennt in der katholischen Kirche den großen Verhinderer und nicht das nützliche Institut zur Ausgabe von Opium. Assmann sieht Schikaneder und Mozart auf der letztgenannten Seite. Ihre "Öffnungsklausel" bedeutet, dass Papageno, der nach den Regeln, die bis heute in der US-amerikanischen Gesetzgebung fortleben ("three strikes and you are out"), längst "out" sein müsste, zum Schluss mit seiner Papagena belohnt und mit drei Arien und zwei Duetten besser als jede andere Figur bedacht wird. Ähnliches gilt für Pamina, die am Ende den Regeln des Männerbundes nicht zum Opfer fällt.