Die Stärke einer Universität zeigt sich in ihren Disziplinen. Ein sinnvoller Vergleich von Hochschulen stellt deshalb die Qualität der Forschung in einzelnen Fächern gegenüber. In diesem Jahr bewertet das CHE-Forschungsranking die Naturwissenschaften neu: Biologie, Physik und Chemie sowie 2006 zum ersten Mal Mathematik und Medizin.

Dabei erstellt das CHE keine Ranglisten (Erster, Zweiter), sondern versammelt diejenigen Universitäten in einer Spitzengruppe, die in der jeweiligen Disziplin besonders forschungsstark sind. Zur Ermittlung der wissenschaftlichen Qualität dienen folgende Leistungsmerkmale:

Die Höhe der Drittmittel eines Fachbereichs sagt sowohl etwas über die Forschungsaktivität als auch über die Forschungsqualität aus. Denn die Professoren müssen diese Gelder von privaten und öffentlichen Gebern (wie etwa der DFG) im Wettstreit mit anderen Wissenschaftlern einwerben.

Publikationen dokumentieren die Forschungsleistung. Da nicht jede Veröffentlichung denselben Stellenwert hat, gewichtet das CHE nach Publikationstyp, Seiten- und Autorenzahl. Neben der Zahl der Veröffentlichungen spielt ihre Zitierhäufigkeit (Zitation) eine Rolle.

Dieser Messwert gibt an, wie oft eine Publikation von anderen Forschern zitiert wurde, was Rückschlüsse auf ihre Bedeutung zulässt.

Die Promotionen verweisen auf die Bedeutung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Wo viele Promotionen entstehen, steigt die Forschungsleistung.

Zudem hat das CHE Professoren gefragt, welche fünf Universitäten sie in ihrem Fach als führend in der Forschung betrachten (Reputation).