Wenn einst auch Ratten Bücher veröffentlichten, sagt Nikodemus, eine der durch und durch ungewöhnlichen Ratten von NIMH, dann werde er die Geschichte seiner Wanderschaft aufzeichnen, in einem "dicken Buch voll Sorgen und Gefahren".

Frau Frisby, Witwe und Feldmaus, hat nicht die leiseste Ahnung, was ihre Nachbarn auf dem Hof des Bauern Fitzgibbon antreibt und bewegt, als sie um Hilfe für ihren kranken Mäusesohn Tim bittet. Weder weiß sie, dass sich manche der Ratten mit literarischen Plänen tragen, noch ahnt sie, dass sie lesen können – und in ihrer Höhle unter dem Rosenbusch über Elektrizität und fließendes Wasser verfügen. Und Möbel! Teppiche! Eine Bibliothek! Und einen Fahrstuhl! "Dem Lift gegenüber führte ein offener Torbogen in einen noch viel größeren Raum. Wie es schien, war es ein Sitzungssaal, denn er hatte ein Podium an einem Ende. Und hier waren Ratten. Dutzende von Ratten. Sie standen in Gruppen – zu zweit, zu dritt, zu viert – plaudernd beisammen. Da waren Ratten, die langsam gingen, Ratten, die eilten, Ratten, die Papiere trugen."

Was ganz leicht ein klebrig-kitschiges "Ach, sind diese Tierchen niedlich"-Kinderbuch voller rosafarbener Schleifchen und bedauerlich geblümter Vorhangstoffe hätte werden können, ist genau das nicht geworden. Der Amerikaner Robert C. O’Brien (im bürgerlichen Leben Robert Leslie Conly und Redakteur des National Geographic Magazine) erzählt eine fesselnde, eine sehr nachdenkliche, eine letztlich eher traurige als fröhliche Geschichte. Natürlich werden die Tiere darin vermenschlicht: aber eben nicht um des Niedlichkeitseffekts willen, sondern um den menschlichen Lesern einen Spiegel vorzuhalten, der kein liebliches Bild zurückwirft.

Die Ratten, angeführt von Nikodemus, Justin und Jenner, geraten in die Gefangenschaft von Dr. Schultz. In dessen Labor NIMH steigern Biologen mit regelmäßigen Injektionen die Lernfähigkeit der Tiere und erhöhen zugleich ihre Lebenserwartung (damit das Experiment sich überhaupt lohnt). Die Ratten lernen lesen, und diese neue Kompetenz ermöglicht ihnen den Ausbruch aus dem Labor.

In einem Landhaus, gut ausgestattet mit Vorräten und Büchern, überwintern die Ausreißer. "Wir fielen über die Bücher gieriger her als über das Essen", erzählt Nikodemus. Doch die einsetzende Erholungsphase bringt die sich ihres Selbst bewusst gewordenen Ratten ins ungemütliche Nachdenken (ganz ähnlich wie ihren Verwandten Renny in dem erfolgreichen Kinofilm Ratatouille): Sind sie nicht Schmarotzer? Diebe, die von den Mühen anderer leben? Gibt es keine Würde der Ratte? Von ihrem persönlichen Prozess der Zivilisation werden Nikodemus und die anderen noch einmal abgelenkt, als sie – mit den glücklich gestohlenen Mini-Werkzeugen und Kleinst-Elektromotoren eines Spielzeugmachers – ihre Höhle auf dem Bauernhof einrichten. Freilich müssen sie jetzt noch mehr stehlen als zuvor, und nicht nur Lebensmittel, sondern auch Wasser und Strom aus den angezapften Leitungen des Hofes. "Unser Leben war angenehm, zu angenehm!", urteilt Nikodemus im Rückblick. "Es war nicht alles gut und nicht alles richtig."

Der britische Autor Richard Adams lässt die dekadenten, die durch Zähmung überzivilisierten Kaninchen in seinem Roman Watership Down Kunstwerke anfertigen und ganz und gar unkaninchenhafte Gedichte verfassen. Die Ratten von NIMH setzen mehr auf Privatkonsum, auf noch hübschere Möbel, noch buntere Lampenschirme: "Lauter Dinge, die wir gar nicht brauchten!" Doch nicht alle Ratten mögen sich Nikodemus’ kultur- und kapitalismuskritischer Sicht der Rattenheit anschließen – und nicht alle unterstützen seinen Plan, mit Sack und Pack, Ratte und Maus ins Dornental zu ziehen, um dort eine Art selbstversorgende Kommune zu gründen. Ausgerechnet sein alter Kampf- und Wandergefährte Jenner gehört zu den Besitzstandswahrern: "Warum sollen wir übersiedeln?", fragt er verdrossen. "Wir sind jetzt viel besser untergebracht. Wir haben reichlich zu essen, Strom und Wasser. Ich verstehe nicht, warum alle vom Verändern reden." Nikodemus wolle offenbar ein neues Rattengemeinwesen schaffen: "Aber wir haben doch bereits eine Kultur!"

Jenner und sechs andere verlassen den Bau, um ein ungezügeltes Raubrattentum pflegen zu können – und kommen alle bei einem Einbruch zu Tode: "Mechaniker-Ratten überfallen Eisenwarenhandlung", heißt es scherzhaft in der Lokalzeitung. Diese kleine Meldung erweist sich als verhängnisvoll, denn sie ruft Dr. Schultz auf den Plan, der landauf, landab nach seinen hochintelligenten Versuchsratten fahndet. In letzter Minute gelingt die Evakuierung ins Dornental – aber um einen hohen Preis.