Er war gerade in Wien, wo er 1928 geboren wurde, zur Eröffnung der neu geordneten Kunstkammer. Dann ein Herzinfarkt. Wer ihn im Krankenhaus besuchte, erlebte einen vitalen Zeitgenossen, der schon ein Symposion über Kunstkammern konzipierte; er selbst würde über deren Wiederentdecker Julius von Schlosser sprechen und seine Vertrautheit mit modernen Kunstbewegungen, denn daraus erkläre sich die Affinität zwischen der Renaissance und dem Objektverständnis der Gegenwartskunst. Eine zweite Operation hat er gut überstanden, aber den nächsten Tag nicht überlebt.

Werner Hofmann hat für die Gegenstände seines Faches immer neue Begriffe, Analogien und Anschauungen erschlossen. Am liebsten nannte er das ein "denkendes Anschauen". Seine Bücher und Essays haben die Entdeckung seiner Dissertation für die Kunstwissenschaft – die Karikatur – immer wieder ausgegriffen und erweitert. Sie nährte den Impuls für einen Deutungsansatz, der dem Brüchigen, Offenen, Widerborstigen ein Vorrecht verschafft gegenüber allem Normativen und Geschlossenen. Davon sind eine unüberschaubare Menge an Büchern, Essays und Katalogen geprägt, ob sie nun den Manierismus oder das Mittelalter, das Reformationszeitalter oder die Zeit Goyas vorstellten. Ihn stimulierten die methodischen Ansätze der berühmten Wiener Schule, dann auch diejenigen Aby Warburgs und Ernst Gombrichs.

Unvergleichlich ist die Bedeutung Werner Hofmanns für die Ausstellungsgeschichte. Die Ausstellungsserien in der Hamburger Kunsthalle, die er von 1969 bis 1990 leitete, insbesondere die zur "Kunst um 1800", haben Epoche gemacht. Hofmann hat der Kunsthalle ein ganz neues Profil gegeben, das dann mit der Galerie der Gegenwart einen weiteren Akzent erhielt. Schon 1962 in Wien hatte er mit dem Museum des 20. Jahrhunderts lebenden Künstlern Präsentationschancen geschaffen. Doch nie war die Moderne nur das spektakulär Neue. Die Gegenwart im Blick, hat Hofmann deren Wahrnehmung aus der Geschichte angereichert. Durch seine Ausstellungspraxis fand die bildende Kunst aus einem eher biederen, bildungsbeflissenen Milieu heraus und traf auf die Aufmerksamkeit einer intellektuellen Öffentlichkeit. Werner Hofmanns Ausstellungsstrategien haben der bildenden Kunst einen neuen, unverzichtbaren Stellenwert im Kulturdiskurs erstritten.