Im November 2003 sagte Joachim Kardinal Meisner: "Der europäische Mensch muss, um nicht unterzugehen, Gifte wie Homosexualität ausschwitzen." Er sprach sich wiederholt gegen ein Adoptionsrecht für homosexuelle Paare aus. Vor drei Jahren entzog er dem Religionslehrer und Publizisten David Berger die katholische Lehrerlaubnis, nachdem Berger sich geoutet hatte.

Mit einer feierlichen Messe im Kölner Dom wurde Joachim Kardinal Meisner, 80 Jahre alt, am 9. März als Erzbischof von Köln in den Ruhestand verabschiedet.