Die Entscheidung des Kirchenoberhauptes Papst Benedikt XVI. war bereits erwartet worden. Mixa hatte im April nach wochenlanger öffentlicher Kritik und nachdem er nach anfänglichem Leugnen zugegeben hatte, in seiner Zeit als Stadtpfarrer von Schrobenhausen Kinder geschlagen zu haben, seinen Rücktritt eingereicht. Während Mixa von Ohrfeigen oder "Watschen" sprach, werfen ihm ehemalige Heimkinder vor, er habe sie teilweise mit voller Wucht ins Gesicht geschlagen.

Unterdessen wurde gegen ihn auch der Verdacht des sexuellen Missbrauchs laut. Die Staatsanwaltschaft Ingolstadt bestätigte am Freitag, dass Vorermittlungen gegen Mixa eingeleitet worden seien. Ein Sprecher des Bistums Eichstätt erklärte, es gehe um den Verdacht des sexuellen Missbrauchs während Mixas Zeit in Eichstätt. Der Anwalt des Bischofs wies die Vorwürfe in der Augsburger Allgemeinen zurück.

Das Blatt berichtete ohne Angabe von Quellen, Mixa solle als Eichstätter Bischof einen Jungen missbraucht haben. Die Missbrauchsbeauftragten des Bistums Augsburg hätten die Staatsanwaltschaft nach sorgfältiger Prüfung der Vorwürfe unterrichtet. "Hinweise, die jetzt gegeben wurden, hat das Bistum Augsburg in Übereinstimmung mit den Leitlinien der Deutschen Bischofskonferenz den zuständigen Stellen zur Kenntnis gebracht und angezeigt", erklärte auch das Bistum.

Benedikt hatte am 29. April mit dem Vorsitzenden der Deutschen Bischofskonferenz, Robert Zollitsch, im Vatikan über den Fall Mixa beraten. Für diese Privataudienz nach Rom wurde Zollitsch begleitet von dem Vorsitzenden der Freisinger Bischofskonferenz, Erzbischof Reinhard Marx, und dem Augsburger Weihbischof Anton Losinger. 

Diese Begegnung, die vor dem Bekanntwerden neuer Vorwürfe gegen Mixa angesetzt war, dürfte den Grundstein für die Annahme des Gesuchs gelegt haben. Damit hat Benedikt vergleichsweise rasch gehandelt – in der Vertuschungsaffäre des irischen Missbrauchsskandals dauerte es Monate, bis der Papst Rücktrittsgesuche schließlich annahm. Ein Bischof kann seinen Rücktritt nur anbieten, der Papst muss dem Schritt zustimmen.

Mixa war von 1996 bis 2005 Bischof von Eichstätt, danach wurde er Bischof in Augsburg. Der strikte Abtreibungsgegner stand wegen seiner sehr konservativen Ansichten häufig in der Kritik. Unter anderem sorgte er für Aufruhr, als er Vorschläge der damaligen Familienministerin Ursula von der Leyen zum Ausbau der Kleinkinderbetreuung als kinderfeindlich und ideologisch verblendet bezeichnete. Der CDU-Politikerin warf er seinerzeit vor, Frauen zu "Gebärmaschinen" zu degradieren.