Offiziell waren die Vorwürfe gegen den Ordensgründer schon seit Ende der neunziger Jahre bekannt. Damals reichten acht ehemalige Mitglieder der Kongregation eine formelle Beschwerde beim Vatikan ein. Sie sollen von Maciel im Alter zwischen zehn und 16 Jahre vergewaltigt worden sein. Einige unter ihnen erzählten gar, dass Maciel zugab, Papst Pius XII habe ihm das Recht für sexuelle Beziehungen gegeben – um seine Bauchschmerzen zu lindern. Doch Papst Johannes Paul II hielt bis zuletzt seine schützende Hand über den Ordensgründer. Teils weil Maciel durch ordentlichen Spendenakquise hervortrat, teils weil der Legionär Christi die reine Lehre des Katholizismus vertrat. Diese hatte der eifrige Gläubige, der 1941 den Orden in Mexiko gegründet hatte und 1944 zum Priester geweiht wurde, in einem Buch zusammengefasst, welches Johannes Paul II. stets zur Lektüre empfahl. Erst lange nach dem Tod des charismatischen Papstes kam heraus, dass das Buch ein Plagiat war. 

Die Loyalität zum Papst werden wohl Kardinal Josef Ratzinger als Präfekt der Glaubenskongregation dazu bewogen haben, eine erste Untersuchung 2002 abzubrechen, die er 1999 begonnen hatte. Erst in den Monaten vor dem Tod von Johannes Paul II eröffnete der künftige Papst eine neue Untersuchung – noch im November 2004 hatte Papst Johannes Paul II den Legionären Christi die Verantwortung für das Päpstliche Institut Notre Dame Center in Jerusalem übertragen.

Als der polnische Papst im Sterben lag, machte sich der heutige Chefankläger der Glaubenskongregation, Monseigneur Charles Scicluna, auf den Weg nach Mexiko, um 20 Personen zu interviewen, auch solche, die sich als Opfer ausgaben. Ein Jahr nach dem Papst Benedikt XVI auf den Stuhl Petri Platz genommen hatte, schickte die vatikanische Glaubenskongregation Marcial Maciel in ein "zurückgezogenes Leben des Gebets und der Buße". Sein schlechter Gesundheitszustand rettete Maciel vor einem sicheren kirchenrechtlichen Verfahren. Schließlich starb er im Januar 2008 in den Vereinigten Staaten.

Welche Entscheidungen Papst Benedikt XVI nun auch trifft, sie könnten für die Legionäre Christi weitreichende Folgen haben. "Aus der Erfahrung wissen wir", sagt ein Sprecher der Deutschen Legionäre, "dass ein Orden für einige Zeit unter Leitung eines externen oder internen Kommissars gestellt werden kann". Wahrscheinlich ist auch, dass der Papst die gesamte Ordensleitung zum Rücktritt zwingt. Im schlimmsten Fall droht dem Orden die Auflösung. Ob das passiert ist jedoch fraglich.

Der Vatikan hat im Vorfeld versucht, die Vermutungen um eine Mitwissenschaft von Papst Johannes Paul II aus dem Weg zu räumen. So veröffentlichte die italienische Zeitung Il Giornale ein Schreiben der Glaubenskongregation an die Behörde für Heiligsprechungen. In dem Brief teilt der jetzige Präfekt Kardinal William Joseph Levada mit, Papst Johannes Paul II sei offenbar nicht umfassend über die Vorwürfe gegen Marcial Maciel informiert gewesen. Gleichwohl bestätigt das Schreiben, dass es an den Papst gerichtete Briefe mit Anschuldigungen gegen Maciel gegeben habe. Aus dem Schreiben geht nicht hervor, ob diese das ehemalige Kirchenoberhaupt je erreicht haben.