Zu dieser Zeit gehört auch der erbitterte Streit um Stolpes Stasikontakte. Viele Kirchenverantwortliche hatten in der DDR berufsbedingt Gespräche mit Funktionären des Regimes gehabt, von denen nicht wenige zur DDR-Geheimpolizei gehörten – so auch Stolpe. Wie viele andere Berufskollegen glaubte er zu helfen, indem er sich für Menschen einsetzte, die das Regime bedrängte. Doch er wurde abgeschöpft: Gesprächspartner nahmen seine Informationen zu den Akten. Kaum eine Stasiakte wurde so akribisch durchsucht wie die Stolpes. Am Ende lag der Schluss nahe, dass Stolpe IM "Sekretär" war. 

Sein Umfeld zerfiel daraufhin in zwei verfeindete Lager. Pragmatiker wie der brandenburgische Theologe Ulrich Schröter plädierten für Milde: Sie schätzten Stolpes Einsatz für bedrängte Menschen höher ein als seine Nähe zum System. Marianne Birthler dagegen trat 1992 als Umweltministerin zurück – aus Protest gegen Stolpes "halbherzige Eingeständnisse". 1994 zerbrach die brandenburgische Ampelkoalition am Streit um den Abschlussbericht des Stolpe-Untersuchungsausschusses. Erbitterte Gegner wie der Sozialdemokrat Stephan Hilsberg sind bis heute der festen Überzeugung, dass er der Stasi aktiv zuarbeitete. 

Seine Gegner scheiterten jedoch daran, dies juristisch einwandfrei zu belegen. Stolpe selbst beharrt darauf, sich nie zur Mitarbeit verpflichtet und niemandem geschadet zu haben. Er nutzte alle Mittel des Rechtsstaates, um sich zu entlasten. Das Bundesverfassungsgericht urteilte 2005, dass ihn keiner Stasi-IM nennen darf

Er moderierte zwischen Bund und Toll Collect

Klar wurde aber auch, dass Stolpe es mit der notwendigen Mindestdistanz nicht so genau nahm. Die Kirchenleitung entlastete ihn zwar vom Verdacht der Kollaboration, missbilligte aber sein Vorgehen. Eine Enquetekommission des brandenburgischen Landtags befand, dass Stolpe hätte als Ministerpräsident zurücktreten müssen.

2002 beendete ein innerkoalitionärer Streit mit der CDU um das Zuwanderungsgesetz Stolpes Zeit in der Potsdamer Staatskanzlei, Matthias Platzeck übernahm. Gerhard Schröder holte den 66-Jährigen ins Bau- und Verkehrsministerium. Als Beauftragter der Regierung für die neuen Bundesländer wurde der Brandenburger zudem das einzige Ost-Aushängeschild in Schröders zweitem rot-grünen Kabinett. Das sicherte Stolpes Posten, als ihn die Fehler seiner Vorgänger bei der Lkw-Maut einholten. 

Mit preußischer Disziplin widerstand "Maut-Manne" allen Rücktrittsforderungen, obwohl sich die Mauteinführung mehrfach verschob. Als Moderierer vermittelte er zwischen Bund, Toll Collect und der EU. Später gab der "Hilfsarbeiter in Sachen Maut" (Stolpe über Stolpe) zu, die Firma vielleicht zu stark geschont zu haben. Mit Rückendeckung des Bundeskanzlers gelang es ihm, den Unternehmen Zugeständnisse abzuringen, wie er 2018 in einem ZEIT-ONLINE-Interview sagte. 

Zur Wahl 2005 verließ Stolpe die Bundespolitik. Denn inmitten des Mautdesasters hatte ein Mediziner bei ihm Darmkrebs diagnostiziert. Im Ministerium war es Stolpe noch gelungen, die Folgen der Chemotherapie zu kaschieren. Als das nicht mehr ging, suchte er bewusst die Öffentlichkeit, sprach bei Maischberger darüber. Mit seiner ebenfalls erkrankten Frau Ingrid schrieb er ein Buch über den gemeinsam Kampf gegen die Metastasen. Wir haben noch so viel vor erschien 2010 – ein Titel, der als Maxime für sein Leben gestanden haben könnte. Noch Jahre später führte Stolpe auf seiner Website Termine auf: Reden zum Mauerfalljahrestag, zu Ausstellungseröffnungen, Vorträge, Grußworte; bis zuletzt meldete er sich öffentlich zu Wort, gab Interviews – nur schriftlich, wegen seiner Krankheit. 2008 hatte ihm ein Arzt prognostiziert, er habe noch fünf Jahre zu leben. Der Preuße Stolpe hat auch diese Erwartung übertroffen.