Die Verwandlung des Willi Herold (Max Hubacher) vollzieht sich in wenigen Minuten. Eben noch hören wir das Keuchen des desertierten Soldaten, der in den letzten Weltkriegstagen 1945 ausgehungert und entkräftet von den eigenen Leuten gejagt wird. Kurz darauf sehen wir denselben Mann im Offiziersmantel, mit strammem Befehlston lässt er sich von seinem soeben rekrutierten Untergebenen chauffieren.

Kleider machen Leute, so sagt der Volksmund, und eine Uniform verleiht ihrem Träger Autorität. Der 19-jährige Herold, eine historisch verbürgte Figur, wurde auf diese Weise vom einfachen Gefreiten zum vermeintlichen Hauptmann, schließlich zum "Henker vom Emsland". Von diesen Ereignissen, einer grausamen Köpenickiade, erzählt Der Hauptmann, der neue Film des zuletzt in Hollywood tätigen Regisseurs Robert Schwentke (Flightplan, R.E.D.).

Als Willi Herold auf seiner Flucht die herrenlose Offiziersuniform findet, in einem Wagen am Wegesrand, wittert er seine womöglich letzte Überlebenschance. Er streift sie über, und binnen Kurzem weicht die Todesangst in seinem Gesicht einer eisigen Miene. Schnell wächst Herold hinein in seine neue Rolle, die ihn zum Kriegsverbrecher machen wird.

Auf seinem Weg durchs norddeutsche Nirgendwo schließen sich ihm weitere Soldaten an, angeblich versprengt von der Truppe, in Wirklichkeit Deserteure wie er. Die "Leibgarde Herold" ist geboren, zu ihr gehören der demütige Freytag (Milan Peschel) sowie Kipinski, ein zwielichtiger Raufbold (Frederick Lau). Und siehe da: Jeder nimmt dem scheinbaren Hauptmann seine Identität ab oder tut zumindest so – aus Angst, selbst aufzufliegen.

Herolds Lügen geraten immer wagemutiger, auf Widerstände stößt er kaum. Im Gegenteil: Einer Kontrolle seines Soldbuchs entgeht er, indem er von einem Sondereinsatz fabuliert, einer Weisung "von ganz oben". Sein Blendwerk führt ihn bis ins Strafgefangenenlager Aschendorfermoor im Emsland, wo der SA-Führer eine Direktive für den Umgang mit Häftlingen, vornehmlich Dieben und Fahnenflüchtigen, herbeisehnt. Herolds "Führerbefehl" wird nur halbherzig geprüft, und so beginnt der Soldat – trunken von der frisch erlangten Macht – ein regelrechtes Massaker. Mehr als 100 Gefangene erschossen der echte Willi Herold und seine Kumpanen innerhalb von acht Tagen. Ein deutsches Militärgericht ließ ihn am 3. Mai 1945 zunächst laufen, bevor er im August 1946 von einem britischen Militärgericht in Oldenburg zusammen mit sechs Mitgliedern seiner Gruppe zum Tode verurteilt wurde.

Schwentke erzählt anhand dieser wahren Geschichte, wie gerade in den letzten Tagen des Naziregimes die verheerendsten Folgen eines hierarchisch legitimierten Systems deutlich wurden. Der "Befehl von oben" hat endgültig jede Form moralischer Selbstbefragung außer Kraft gesetzt. In dieser Endzeitstimmung kann ein skrupelloser Blender wie Willi Herold unbehelligt seine barbarischen Taten begehen.