Die Europäische Union hat nach dem Volksentscheid in der Schweiz zur Begrenzung der Zuwanderung Programme zum Studentenaustausch und zur Forschungsförderung ausgesetzt. Damit reagierte die EU auf den Stopp des geplanten Arbeitsmarktabkommens der Schweiz mit Kroatien. Die Verhandlungsrunde werde verschoben, bis die Schweiz das Abkommen mit Kroatien unterzeichne. Durch den Wegfall des Abkommens könnten der Schweiz mehrere Milliarden Euro an EU-Geldern für Forschung und Bildung entgehen. 

Die EU-Kommission verwies darauf, dass im nächsten Jahr keine Studenten mehr über das Austauschprogramm "Erasmus+" in die EU geschickt werden könnten. Bislang nutzten 2.900 Schweizer Studenten die Möglichkeit, an einer Universität in der EU zu studieren. Auch Verhandlungen über eine Beteiligung der Schweiz an dem Forschungsprojekt Horizont 2020 setzte die EU-Kommission zunächst aus. Von 2007 bis 2013 hatte die Schweiz laut EU-Kommission mehr als 1,8 Milliarden Euro aus diesem Programm erhalten. 

EU-Kommissionssprecher Joe Hennon sagte, die geplante Anbindung der Schweiz an das Forschungsprogramm Horizont 2020 oder an das Austauschprogramm Erasmus seien an den freien Personenverkehr geknüpft. Eine Sprecherin der Kommission sagte: "Wir erwarten ein Signal oder eine Mitteilung in dieser Sache von der Schweiz." Nach der Volksabstimmung in der Schweiz und ohne ein klares politischen Signal seien die Verhandlungen von der EU verschoben worden.

Am 9. Februar hatten sich die Schweizer in einem Volksentscheid für eine Begrenzung der Zuwanderung aus der EU ausgesprochen. Die Regierung hat nun drei Jahre Zeit, den entsprechenden Beschluss umzusetzen. Nach der Entscheidung stehen einige Abkommen zwischen EU und der Schweiz in Frage.