Politkowskaja, die für ihrer couragierte Berichterstattung mehrfach ausgezeichnet worden war, wurde in ihrer Moskauer Wohnhaus von Unbekannte erschossen. Ihre Leiche wurde nach Polizeiangaben am Samstag im Foyer gefunden, daneben lagen eine Makarow-Pistole und vier Patronenhülsen. Vize-Staatsanwalt Wjatscheslaw Rosinski sprach von Hinweisen auf einen "gezielten Mord", wollte sich aber nicht auf diese Interpretation festlegen. Politkowskaja arbeitete zuletzt für die Zeitschrift "Nowaja Gaseta". Die Menschenrechtsorganisation Amnesty International (ai) erklärte, die Journalistin sei "wegen ihres Berufs ins Visier geraten".

Politkowskaja befasste sich immer wieder mit Gräueltaten tschetschenischer Aufständischer und russischer Sicherheitskräfte, aber auch mit Korruption in der russischen Armee. Damit stand sie in einem deutlichen Kontrast zu den meisten russischen Medien, die derart heikle Themen seit dem Amtsantritt von Präsident Wladimir Putin im Jahr 2000 zunehmend aussparten. "Es gab ständig das Gefühl, dass ihr etwas zustoßen würde", sagte Oleg Panfilow von der Vereinigung Journalismus in Extremsituationen.

Im Januar 2000 erhielt die Journalistin den Goldenen Preis der Russischen Journalisten-Union, im Februar 2003 den Preis Journalismus und Demokratie der Organisation für Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa (OSZE). In 2004 gab es Hinweise, dass sie während der Berichterstattung über die Geiselnahme in Beslan vergiftet werden sollte.

Der Europarat reagiert mit Bestürzung auf die Tötung der prominenten russischen Journalistin Anna Politkowskaja, ebenso wie Menschenrechts- und Journalistenorganisationen. Eine Sprecherin des Komitees zum Schutz von Journalisten sagte in New York, Politkowskaja sei eine mutige Reporterin gewesen, die wiederholt ihr Leben riskiert habe. Für Journalisten in Russland sei die Lage katastrophal. Ein Vertreter von Reporter ohne Grenzen in Paris erklärte, Russland sei ein Land, in dem Gewalt gegen Medienleute ausgeübt werde.