Während in München und Karlsruhe gefeiert wird, leckt man anderenorts seine Wunden. Nach der Kür der drei süddeutschen Hochschulen zu Deutschlands ersten Elite-Universitäten müssen sich andere Standorte kritische Fragen gefallen lassen. Christoph Markschies, Präsident der Berliner Humboldt-Universität, sagte am Montagmorgen in der Welt : "Berlins Unis haben nicht anständig miteinander kooperiert." Jochen Tröger, Pro-Rektor der Universität Heidelberg, sagte ZEIT Campus online : "Wir sind tief enttäuscht und müssen die Ursachen analysieren."

Derweil verteidigte der Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), Ernst-Ludwig Winnacker, das Auswahlverfahren. "Es gibt in einem Wettbewerb immer Gewinner und Verlierer, das müssen wir in der Forschung noch lernen", sagte er dem Tagesspiegel . Zuvor hatte Bundeskanzlerin Angela Merkel Bayern und Baden-Württemberg zu ihren Elite- Hochschulen gratuliert. "Es hat keinen Sinn, wenn wir uns einreden, jede Universität ist gleich", sagte sie am Samstag.

Die beiden Münchner Universitäten und die Technische Hochschule Karlsruhe waren am Freitag von einem Bewilligungsausschuss aus Wissenschaft und Politik zu Elite-Hochschulen bestimmt worden. Sie werden bis 2011 von Bund und Ländern zusätzlich jeweils mehr als 100 Millionen Euro für den Ausbau ihrer Spitzenforschung erhalten. Die Ludwig-Maximilians-Universität will dieses Geld vor allem in neue Stellen investieren. "Wir werden neue Professoren einstellen und Stellen schaffen für junge Nachwuchswissenschaftler", sagte LMU-Rektor Bernd Huber ZEIT Campus online .

Winnacker sagte zu dem Unmut einiger Wissenschaftsminister der Länder, die keine Auszeichnung erhalten hatten: "Es waren nicht mehr gute Anträge da, um sie den Wissenschaftsministern vorzulegen. Schlechte konnten wir ihnen ja nicht gut anbieten." Er wies auch Vorwürfe zurück, die Wissenschaftler hätten mittelmäßige Anträge aufgewertet und andere dafür abgewertet, um den gewünschten Hochschulen zum Erfolg zu verhelfen.

Nach dem schlechten Abschneiden nord- und ostdeutscher Universitäten hatte Schleswig-Holsteins Wissenschaftsminister Dietrich Austermann (CDU) Kritik geübt: Das Entscheidungsverfahren sei erst kurz vor der Sitzung des Bewilligungsausschusses so verändert worden, dass die Wissenschaftsminister praktisch keinen Einfluss mehr auf den Ausgang gehabt hätten.

Auch der Hamburger Wissenschaftssenator Jörg Dräger hatte die Entscheidungsfindung bemängelt. "Politik und Wissenschaft haben ungefähr gleich viel Stimmen gehabt", sagte der Senator. "Aber man hat sich leider von Seiten der verfahrensführenden Kommission - Wissenschaftsrat und Deutsche Forschungsgemeinschaft - von den vereinbarten Abläufen sehr weit weg bewegt."

Winnacker räumt der Technischen Hochschule in Aachen (RWTH) sowie den Universitäten Heidelberg und Freiburg gute Chancen ein, im nächsten Jahr zu Elite-Universitäten gekürt zu werden. Die zweite Runde des Wettbewerbs wird im Herbst 2007 entschieden.

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