Der apologetischen amerikanischen Sicht stand in den ersten Nachkriegsjahrzehnten in Japan eine Friedens- und Opferrhetorik gegenüber, die Japans eigene Kriegsschuld verschwieg. Mittlerweile wird von Historikern auch außerhalb Japans immer stärker bestritten, dass die Abwürfe völkerrechtlich, ethisch und politisch verantwortbar waren. Florian Coulmas, Leiter des Deutschen Instituts für Japanstudien in Tokio, betont, dass es bei der Bewertung der Bomben nicht nur um Geschichte gehe, sondern "um Gegenwart, um Identität, Stolz und Legitimation politischen Handelns"

Als erster bekannter Historiker stellte Gar Alperovitz in den sechziger Jahren die militärische Begründung infrage. Schon vor dem Einsatz hat der US-Oberbefehlshaber im bereits besetzten Deutschland, Dwight D. Eisenhower , seine Abneigung gegen den Einsatz der neuen Bombe geäußert, wie er später schrieb: "Japan suchte zu diesem Zeitpunkt bereits einen Weg zu kapitulieren – mit einem möglichst geringen Gesichtsverlust."

Die Frage nach der japanischen Kapitulationsbereitschaft ist unter Historikern umstritten. Dass zumindest ein Teil der japanischen Führung den Krieg seit dem Frühjahr 1945 über sowjetische Vermittlung beenden wollte, steht außer Zweifel. Die in der Potsdamer Erklärung vom 26. Juli 1945 bekräftigte amerikanische Forderung nach bedingungsloser Kapitulation und die Unklarheit über die Zukunft des Tennos nach dem Krieg stärkten in Tokio aber immer wieder die Durchhalte-Fraktion.

In den Beratungen der militärischen und zivilen Führung mit dem Tenno kurz nach den Atombombenangriffen spielten diese eine geringere Rolle als die sowjetische Offensive gegen die Mandschurei, die am selben Tag wie der zweite Atombombenabwurf auf Nagasaki am 9. August stattfand. Am 14. August entschied sich der Tenno mit einem Machtwort für die Kapitulation.

Nicht nur japanische Historiker sehen die Atombombenangriffe mittlerweile als Kriegsverbrechen. Das wirkliche Ziel sei gewesen, so Alperovitz und Coulmas, die Sowjetunion vom weiteren Vorrücken in Fernost abzuschrecken und ihr die Überlegenheit der USA zu demonstrieren.

Dass dies eine Rolle gespielt habe, glaubt auch Hasegawa. Doch nach seinen neuen Erkenntnissen, so fordert er, müsse man eine weitere, noch wichtigere Motivation hinzufügen: der Atombomben-Einsatz als mörderisches "Experiment" an Hunderttausenden Menschen.

Dass der Einsatz der neuen Massenvernichtungswaffe den Verantwortlichen nur wenige Skrupel bereitete, hatte nach Hasegawas Ansicht auch mit dem durch Kriegspropaganda verstärkten anti-japanischen Rassismus zu tun. "Ich glaube nicht, dass sie die Atombombe auf Deutschland geworfen hätten", sagt Hasegawa.

Auf die "Dehumanisierung" der Japaner während des Krieges hat schon 1992 James Weingartner hingewiesen. Ihre fanatische Kampfesweise und ihr brutaler Umgang mit Gefangenen machten sie in den Augen der US-Soldaten zu Unmenschen. Amerikanische Soldaten schändeten vielfach die Leichen gefallener Japaner oder verwendeten abgeschlagene Köpfe als Trophäen. Diese Entmenschlichung machte offenbar auch vor dem Weißen Haus nicht halt. Präsident Truman nannte Japan Weingartner zufolge ein "beast", das als solches zu behandeln sei.