Stoiber wies auch Vorwürfe zurück, er habe sich mit dem verstorbenen Kärntner Landeshauptmann Jörg Haider getroffen, um das Geschäft mit der Kärntner Bank voranzutreiben. Einen entsprechenden Wunsch Haiders habe er "mit sehr deutlichen Worten zurückgewiesen". Auch beim damaligen kroatischen Ministerpräsidenten Ivo Sanader will Stoiber nicht interveniert haben. Die Behauptung, er sei nach Kroatien gefahren, um Hindernisse für den Kauf aus dem Weg zu räumen, werde "von den Fakten, den zeitlichen Abläufen und den Aussagen der Beteiligten widerlegt".

Im vorigen Jahr gab die BayernLB ihre Akquisition für einen symbolischen Euro an Österreich zurück.

Die Übernahme erfolgte 2007 und ist für die BayernLB und damit den Steuerzahler zum Milliardengrab geworden. Es war der größte Deal in der Geschichte der BayernLB. Mittlerweile ist die Kärntner HGAA, der besonders Kreditausfälle in Osteuropa zum Verhängnis geworden sind, an Österreich verschenkt. Stoiber, der als Zeuge im Untersuchungsausschuss vernommen wurde, erklärte, er sei nicht der Erfinder der Osteuropa-Strategie der Landesbank gewesen.

Neben Verlusten mit riskanten US-Wertpapieren hat die BayernLB in der weltweiten Finanz- und Wirtschaftskrise vor allem unter den Problemen in Osteuropa gelitten. In den Jahren 2008 und 2009 summierte sich der Fehlbetrag der Landesbank auf fast acht Milliarden Euro. Ohne staatliche Hilfe durch den Freistaat hätte das Institut die Krise nicht überlebt.