Die Behörden von Bund und Ländern haben nach Angaben aus Unionskreisen in den vergangenen drei Jahren in rund hundert Fällen die umstrittene Spionagesoftware eingesetzt. Der innenpolitische Sprecher der Unionsfraktion, Hans-Peter Uhl (CSU), sagte der Osnabrücker Zeitung, dass alle Sicherheitsbehörden zusammen seit 2009 etwa 35 Mal pro Jahr Trojaner eingesetzt hätten, "um verschlüsselte Kommunikation am Computer abzugreifen". Allein Bayern habe in der Zeit bei Verdacht auf schwere Kriminalität 25 Mal Trojaner eingesetzt, dabei seien vereinzelt auch Screenshots, also Aufnahmen des Bildschirms, weitergeleitet worden.

Uhl deutete an, dass die Bundesjustizministerin nicht ganz unschuldig sei, sollten die Behörden durch die Nutzung der Software möglicherweise rechtliche Grenzen verletzt haben. Er warf Sabine Leutheusser-Schnarrenberger (FDP) vor, die Polizei und Staatsanwälte seit Jahren im Regen stehen zu lassen. "Wir haben die Ministerin immer wieder darauf hingewiesen, dass die Ermittler beim Einsatz von Spionagesoftware in Strafverfahren in einer gesetzlichen Grauzone arbeiten." Geschehen sei aber "absolut nichts", sagte Uhl. Die Ministerin hatte am Mittwoch vor Missbrauch der Daten durch Dritte gewarnt.

Derweil hat Bundesinnenminister Hans-Peter Friedrich (CSU) den Einsatz sogenannter Trojaner verteidigt. "Unsere Beamten halten sich strikt an das, was sie dürfen", sagte er der Frankfurter Allgemeinen Sonntagszeitung. Er verteidigte auch die umstrittene Funktion des in Bayern verwendeten Trojaners, weitere Module nachzuladen, mit denen die Überwachung ausgeweitet werden könnte. "Wir brauchen diese Nachladefunktion, um uns den normalen Updates auf dem Zielcomputer anpassen zu können." Die Landesbehörden hätten "völlig zu Recht" darauf hingewiesen, "dass sie die Grenzen dessen, was rechtlich zulässig ist, nicht überschritten haben". Zudem übte Friedrich scharfe Kritik am Chaos Computer Club. Dieser habe "dem Chaos in seinem Namen alle Ehre gemacht". Es seien viele Missverständnisse entstanden.

Zuvor hatte Friedrich die Bundesländer noch aufgefordert, die enttarnte Spionagesoftware nicht mehr einzusetzen. Zunächst müsse geklärt werden, ob das Programm mehr könne, als gesetzlich zulässig sei. Am Mittwoch räumte die Bundesregierung den Einsatz von Spionagesoftware bei den Zollbehörden in 16 Fällen ein. Unklar ist, welche Varianten des "Bundestrojaners" bisher in Deutschland eingesetzt wurden.

Der Chaos Computer Club hatte am vergangenen Wochenende mehrere Exemplare des sogenannten Bundestrojaners gefunden. Mit dieser Spähsoftware können Ermittler unbemerkt in Rechner von Verdächtigen eindringen. Im Jahr 2008 hatte das Bundesverfassungsgericht enge Grenzen für diese Art der Überwachung gesetzt.