Der bayerische Finanzminister Markus Söder (CSU) empfindet die Beziehung zwischen seiner Partei und der CDU als schwer belastet. Im ZDF sagte er, die Differenzen innerhalb der Fraktion seien größer als 1976. Damals kündigte die CSU die Fraktionsgemeinschaft mit der CDU auf. Ein Beschluss, der vier Wochen später revidiert wurde.

Zwar sei das persönliche Verhältnis innerhalb der Parteien gut, sagte Söder, "aber es gibt wirkliche inhaltliche Differenzen". Diese gebe es vor allem bei der Flüchtlingspolitik. Dafür sei auch Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) verantwortlich. Wer den Bürgern sage, seine Politik sei alternativlos, müsse sich nicht wundern, wenn die Bürger sich dann eine Alternative für Deutschland suchten.

Der Spiegel hatte zuvor berichtet, dass CSU-Chef Horst Seehofer erwägt, im kommenden Jahr einen eigenen Bundestagswahlkampf zu bestreiten. Auch Verkehrsminister Alexander Dobrindt (CSU) äußerte sich kritisch. Es sei offen, ob es ein gemeinsames Wahlprogramm von CDU und CSU geben werde, sagte er dem Spiegel. "Ich habe mir nicht vorstellen können, dass CDU und CSU mal bei einem zentralen Thema so weit voneinander entfernt denken und agieren können, wie sich das in der Flüchtlingsfrage zeigt."

Politiker beider Parteien streiten seit Monaten darüber, welche Positionen die Union in der Flüchtlingskrise vertreten sollte. Anfang des Jahres hatte Seehofer in einem Brief an die Kanzlerin gefordert, die Zahl der Menschen zu beschränken, die jährlich nach Deutschland fliehen dürfen. Merkel ließ damals ihren Sprecher mitteilen: "Eine Begrenzung der Flüchtlingszahlen lässt sich nach unserer Überzeugung nicht im nationalen Alleingang erreichen."

Zwar hatte Seehofer gedroht, Verfassungsklage einzureichen, sollte keine Obergrenze festgelegt werden, verzichtete dann aber darauf. "Die Flüchtlingszahlen gehen zurück, der Druck hat nachgelassen", begründete Bayerns Justizminister Winfried Bausback die Entscheidung.