Der Militärische Abschirmdienst (MAD) und das Zentrum für Innere Führung werden enger an das Verteidigungsministerium angebunden. Das schrieb Verteidigungsministerin Ursula von der Leyen (CDU) in einem Tagesbefehl an die Truppe. Zuerst hatte die Süddeutsche Zeitung darüber berichtet. Bislang unterstanden beide Dienste dem Inspekteur der eigenständigen Streitkräftebasis. Nun sollen sie direkt dem Verteidigungsministerium unterstellt werden, ähnlich wie der Bundesnachrichtendienst dem Bundesinnenministerium und das Bundesamt für Verfassungsschutz dem Kanzleramt.

Die Maßnahmen gehen laut Tagesbefehl auf eine Prüfung zurück, die bereits Anfang des Jahres erfolgt ist – also noch vor den Skandalen um möglicherweise rechtsextreme Offiziere in der Bundeswehr. Allerdings hätten diese Fälle gezeigt, "dass der Eigenschutz der Bundeswehr und damit auch die Extremismus- und Terrorismusabwehr hohe Prioritäten genießen". Das Sammeln von Informationen zur Extremismus- und Terrorismusabwehr sowie der Spionage- und Sabotageabwehr gehört zu den Kernaufgaben des MAD.

Außerdem nimmt er an Auslandseinsätzen der Bundeswehr teil und wirkt an Überprüfungen von für die Bundeswehr tätigen Personen mit. Anfang Mai war der MAD in Kritik geraten, weil er nicht selbst auf Franco A. aufmerksam geworden war. Der Oberleutnant hatte sich als syrischer Flüchtling ausgegeben und steht im Verdacht, einen Terroranschlag geplant zu haben. Über den Fall war der MAD zunächst nicht informiert worden, was von der Leyen kritisierte.

Die Umstrukturierung des Zentrums für Innere Führung begründete die Verteidigungsministerin mit der besseren Wahrnehmung des Mitte Mai angekündigten Programms "Innere Führung heute". Ziel des Programms ist es, unter Einbezug aller Ebenen "ein vollständiges Lagebild zu gewinnen, wie es um Führungsfragen in der Bundeswehr bestellt ist und wo Probleme oder Hemmnisse liegen." Dafür wollte von der Leyen die aktuellen Ausbildungsgänge überprüfen, politische Bildung stärken und den Traditionserlass überarbeiten. Gerade im Umgang mit der Geschichte der Wehrmacht gebe es immer noch Unsicherheiten in der Anwendung.

Von der Leyen will auch die Streitkräftebasis stärken. Sie soll zum zentralen Akteur im Heimatschutz werden. Die Streitkräftebasis ist der wesentliche Logistikdienstleister innerhalb der Bundeswehr. Unter anderem ist sie für die Versorgung ausländischer Truppen in Deutschland zuständig. Diese Aufgabe hat durch die Verlegung großer US-amerikanischer Verbände an die Ostflanke der Nato – insbesondere in Polen und dem Baltikum – stark an Bedeutung gewonnen. So kommen Panzer, Waffen und anderes Material der US-Truppen an deutschen Nordseehäfen an und werden von dort aus durch Deutschland transportiert.