Ali Agca selbst machte widersprüchliche Angaben. Zeitweise behauptete er, er habe einen türkischen und zwei bulgarische Komplizen gehabt. Den Anschlag habe der bulgarische Militärattaché kommandiert. Später beschuldigte Ali Agca den Geheimdienst KGB, sprach aber auch von Helfern und sogar Auftraggebern im Vatikan. Er gab sich mal als Islamist, mal als Mitglied der Volksfront zur Befreiung Palästinas aus (die jede Verbindung abstritt), mal als wirrer Einzeltäter.

Schon 1979 hatte Ali Agca, der den türkischen nationalistischen Grauen Wölfen nahe stand, einen Redakteur der Zeitung Milliyet ermordet und dann im Untergrund gelebt. Nach den Schüssen auf Johannes Paul II. wurde er vom Chef des vatikanischen Sicherheitsdienstes, Camillo Cibin, festgenommen und im Juli 1981 zu lebenslanger Haft verurteilt. Im Jahr 2000 wurde Ali Agca auf Bitten des Papstes amnestiert und an die Türkei ausgeliefert. Dort war er wegen des Mordes von 1979 in Abwesenheit zum Tode verurteilt, das Urteil in lebenslange Haft umgewandelt worden.

In türkischer Haft setzte der Attentäter sein Verwirrspiel fort: Er beantragte die polnische Staatsbürgerschaft, gab seinen Übertritt zum Katholizismus bekannt, berief sich aber auch auf Mohammed als einzigen Propheten. 2006 warnte er Benedikt XVI. mit düsteren Andeutungen vor einem Türkei-Besuch.

Nach seiner vorzeitigen Entlassung im Januar 2010 prophezeite er das Ende der Welt und bezeichnete sich als "den ewigen Christus". Der mittlerweile 53-Jährige, dem türkische Militärärzte eine schwere Persönlichkeitsstörung attestierten, ist entweder ein Schauspieler, der den Irren gibt, um von den Hintermännern seines Attentats abzulenken – oder die Jungfrau von Fatima hat ihm zur Strafe für seine Sünden tatsächlich den Geist verwirrt.