Die Kriterien für die Vergabe des Siegels sind grundsätzlich die gleichen wie beim deutschen Bio-Siegel, dem grünen Sechseck mit der Aufschrift "Bio nach EG-Öko-Verordnung" , das es auch weiterhin geben wird.

Das neue EU-Siegel – ein Blatt aus weißen Sternchen auf grünem Grund – soll künftig Lebensmittel kennzeichnen, die zu mindestens 95 Prozent aus biologischem Anbau stammen. Sie dürfen keine gentechnisch veränderten Zutaten enthalten.

Auch chemisch-synthetische Pflanzenschutzmittel beim Anbau der Lebensmittel sind nach den Regeln für das neue  Siegel verboten, Düngemittel und andere Pflanzenschutzmittel dürfen die Landwirte nur dann verwenden, wenn sie mit den Grundsätzen der Bioproduktion vereinbar sind.

Nutztiere müssen artgerecht gehalten werden; ihr Ökofutter soll der Betrieb selbst oder zumindest ein benachbarter Betrieb herstellen. Abfälle und Nebenerzeugnisse von Pflanzen und Tieren sollen Biohöfe möglichst wiederverwerten, um Ressourcen zu schonen.

In unmittelbarer Nähe des Bio-Blatt-Symbols ist die Öko-Kontrollstellennummer angegeben, ein weiteres Erkennungszeichen für ein Bio-Produkt. Sie besteht aus einem Länderkürzel (etwa DE für Deutschland), drei Buchstaben (in Deutschland: Öko) und drei Ziffern, hinter denen sich die Kontrollstelle verbirgt.

Eine unabhängige Stelle oder eine Behörde überprüft die Bio-Betriebe mindestens einmal im Jahr. Bei Verstoß gegen die Vorschriften können Betriebe das Bio-Siegel auf ihren Produkten wieder verlieren. Unter der Kontrollstellennummer muss ein Hinweis stehen, wo die Rohstoffe herkommen: ob aus einem EU-Land oder einem Drittstaat.