Vor den Toren Genfs hatte man einen Scheiterhaufen aus frischem Holz und grünem Laub für ihn errichtet: Hier, in Champel, wurde er am 27. Oktober 1553 als Ketzer hingerichtet, der spanische Arzt und Humanist Miguel Servet. Die über ihn verhängte Todesart des langsamen Verbrennens auf schwachem Feuer bei lebendigem Leib galt als so grausam, dass selbst die Inquisition sie nur selten anwandte, und so steht sein Schicksal für eine gern vergessene Seite der Reformation: Auch Protestanten verfolgten Menschen, die einen anderen Glauben hatten.

Servet hatte sich eines angeblichen Glaubensirrtums schuldig gemacht: Er lehnte die Kindertaufe ab, genau wie – und das war noch gewichtiger – die Trinitätslehre. Diese war im 7. Jahrhundert endgültig zum Dogma erhoben worden und galt auch den meisten reformatorischen Theologen als sakrosankt. Ihr zufolge war Christus in allem wesensgleich mit Gott, dem Vater. Guillaume Farel, ein Parteigänger des Genfer Reformators Johannes Calvin, begleitete Servet auf seinem letzten Gang und war Zeuge, wie dieser auf dem Scheiterhaufen ausrief: "O Jesus, Sohn des ewigen Gottes, erbarme dich meiner!" In seinem Bericht bemerkte Farel, dass Servet sich hätte retten können, wenn er in seinem Ausruf das Wort "ewig" an eine andere Stelle gerückt und sich zu "Christus, dem ewigen Sohn Gottes", anstatt zu "Christus, dem Sohn des ewigen Gottes", bekannt hätte.

"Kaum war die Asche des Unglücklichen kalt geworden", habe eine gewaltige Kontroverse um die Religionsfreiheit begonnen, berichtet der Genfer Reformator Théodore de Bèze, ein getreuer Gefolgsmann Calvins. Aufseiten der Kritiker stand dabei in vorderster Reihe Calvins Gegenspieler Sebastian Castellio, ein humanistischer Gelehrter, der von Basel aus seine Stimme erhob: "Dieses Geschehen hat viele fromme Menschen entsetzt und den Skandal der Skandale ausgelöst, der wohl kaum jemals in Vergessenheit geraten wird."

Am Schauplatz des Geschehens, in Genf, versuchte Calvin zu jener Zeit das Werk Gottes zu vollenden. Er wollte gleichsam das neue Jerusalem an den Ufern der Rhone errichten, und um dieses Ziel zu erreichen, ließ er alle Skrupel fahren. Abweichungen von seiner Lehre duldete er so wenig wie andere Reformatoren, etwa Huldrych Zwingli, der in Zürich gegen die Wiedertäufer vorging. Bereits 1541 hatte Calvin in den Ordonnances ecclésiastiques seine Vorstellung von einer strengen Kirchenordnung niedergelegt. "Die Freiheit des Gewissens ist eine Teufelslehre", schmetterte sein Mitarbeiter de Bèze Kritikern entgegen. "Besser, einen Tyrannen zu haben, und sei es ein noch so grausamer, als die Erlaubnis, dass jeder nach seinem Sinne handeln dürfe."

Der Staat als das "weltliche Schwert" hatte nach Calvins Ansicht der Kirche uneingeschränkt bei der Durchsetzung ihrer Lehre zu dienen. Servet wurde auf Betreiben des Genfer Stadtrates hingerichtet – damit war Calvin seinem Ziel näher gekommen, die weltlichen Institutionen mit Männern seiner Couleur zu besetzen. Staat und Kirche arbeiteten nun Hand in Hand bei der Verwirklichung eines Gottesstaates nach reformatorischem Muster. Barmherzigkeit gegenüber Andersdenkenden galt dabei als "teuflisch und keineswegs christlich", Milde als "äußerste Grausamkeit, da sie die unzähligen Wölfe schonen will, um ihnen die ganze Herde Christi zum Fraß vorzuwerfen".

Neun Jahre vor der Hinrichtung Miguel Servets hatte Calvins Widersacher Sebastian Castellio diese Härte erstmals zu spüren bekommen. Castellio war ein früher Mitstreiter Calvins und Rektor des Genfer Collège de Rive, einer Art Kaderschmiede für die Predigerschaft und gebildete Laien. Doch als er für seine französische Bibelübersetzung um Calvins Druckerlaubnis bat, wurde ihm diese verweigert, weil er in einigen theologischen Fragen nicht mit Calvin übereinstimmte. Zudem betrachtete Castellio schon früh Calvins Neigung, Andersdenkende als Ketzer zu behandeln, mit Argwohn, und so führte der Disput zwischen den beiden zum völligen Zerwürfnis, als Castellio den Genfer Pfarrern "ihren fehlenden Mut und ihre Nachlässigkeit im seelsorgerischen Dienst" vorwarf. Tatenlos sähen sie zu, wie im Namen Gottes Unrecht begangen werde. "Paulus hat Verfolgung durch andere erlitten, wir aber verfolgen Unschuldige", rief er ihnen entgegen.

Castellio wurde daraufhin seiner Ämter enthoben und sah sich gezwungen, Genf zu verlassen. Er ging nach Basel, in diese eher liberal gesinnte Stadt in der reformierten Schweiz, die damals zahlreichen Glaubensflüchtlingen, vor allem aus Italien und Frankreich, Zuflucht bot. Er verdingte sich als Korrektor bei dem Drucker Johannes Oporin. Um seine Familie zu ernähren, verrichtete er außerdem Dienste wie Holzsägen und Wassertragen und arbeitete als Fischer und Gärtner. Erst nach mehr als acht Jahren, im Mai 1553, erhielt er eine Anstellung als Professor der griechischen Sprache an der Basler Artistenfakultät, die ihm ein zwar bescheidenes, aber gesichertes Einkommen brachte. Als Michel de Montaigne fast zwei Jahrzehnte nach Castellios Tod hörte, in welcher Bedrängnis dieser gelebt hatte, nannte er dies "die große Schande unseres Jahrhunderts".

Im Gegensatz zu Calvin, dem Sohn eines bischöflichen Generalprokurators in Noyon, stammte Castellio aus einfachen Verhältnissen. Geboren 1515 als Sohn des Bauern Claude Chastillon in dem savoyischen Dorf Saint-Martin-du-Fresne, wuchs er mit sechs Geschwistern auf und lernte früh, sich zu bescheiden. Neben seinem Vater, der "nichts so sehr verabscheute wie Lügen und Stehlen", war es vielleicht auch der Geist der Landschaft Bugey, der ihn geprägt hatte. Diese war seit den Waldenser-Verfolgungen für ihre Tradition des Widerstands bekannt.